除了吾必奎外，其他云南省各地的土司如临安府沙定洲、东川府禄万亿、石屏土司龙在田等人，都做好了起事的准备。
将起事的时间选定在冬季，就是因为此时正处寒冬，起事后可以迅速占据有利的位置。在天寒地冻的天气中，大明朝廷军队不能第一时间平叛，大家就可以有充足的时间来休养生息、训练军队，准备跟大明朝廷的决战了。
而云南省官府，却对这些土司准备叛乱的事情一无所知。西南军区总司令解学龙的主要注意力，也是放在四川那边，防备张献忠的进攻去了。
因此，对云南省的各地土司在大顺朝廷的联络下密谋叛乱的事，解学龙也一点都没注意到。
崇祯十九年冬月初一，大明江南各省王公贵族的叛乱已经全部平定，大明境内正感觉一片歌舞升平的时候，云南省各地土司却在这一天突然同时举事，发动了大规模的叛乱。
短短五天之内，元谋土司吾必奎就攻占了毫无防备的武定府、姚安府，还有楚雄府的定远县，军队扩张至2万人。
蒙自土司沙定洲和妻子万氏，率军攻占了临安府府治建水县和中部、南部大部分县城，还有广西府、广南府全境，军队扩张至3万人。（注：这里的广西府是当时的云南省下级行政区划，不是广西省。）
张献忠的义父，石屏土司龙在田也率军攻占临安府北部诸县，及澂江府、新化州全境，军队扩张至2万人。
北方的东川府土司禄万亿、禄万兆兄弟也攻占了东川府、寻甸府全境，军队扩张至2万人，
还有丽江府、永宁府、陇川司、孟琏司等地，均有土司率兵起事，参加叛乱，叛军总兵力达到惊人的20万人之巨。除昆明、楚雄、大理、曲靖等少数西南军区驻云南第十四军重兵驻守的大城市，其他边缘县城州府均被起事的土司叛军攻占。
短短几天之内，云南省几乎全境易帜。叛乱的土司纷纷宣布，拥戴大顺永昌皇帝李自成为正统，大明朝廷任命的官员在云南省反而成了人人喊打的逆贼。各地知府、知州等大明朝廷任命的官员，纷纷被逮捕关押，甚至凌迟处死。
而驻扎在昆明、楚雄、大理、曲靖等地的西南军区第十四军官兵2万人，面对20万叛军、遍地烽烟的情况下，也是不知所措。
天寒地冻的，在朝廷命令尚未下达之前，他们也不知该从哪里下手，只能牢牢守住几座大城市，不让叛军攻陷就得了。
几天后，各地叛军的情报汇集到云南省首府昆明后，统计出叛变的土司有二十多人，叛军总兵力达20万之巨。
云南高官吴兆元、高官吴文瀛、罗国，驻昆明的第十四军军长杨畏知、副军长万元吉、参谋长瞿式耜，黔国公沐天波（挂高官职）等云南省军政大员，齐聚省政府，商议对策。
高官罗国道：“情报上说，除昆明、大理等几个大城市外，其他州府大都被叛军攻占，各地知府、知州等朝廷任命的汉族官员均被关押，有些已经被处死牺牲了。我认为，应该趁叛军刚刚起事，立足未稳之机，马上出兵镇压，平定叛乱。”
参谋长瞿式耜，是前礼部尚书钱谦益的学生。钱谦益因巨额贪污受贿被朝廷处决后，瞿式耜受了一些影响，在西南军方不受同僚们的待见。