当了一段时间的皇帝，杨毅慢慢适应了皇帝的身份，渐渐的也会从皇帝的角度去考虑问题了。
南京朝廷本来就配置不全，中央各部署到处都差人。吏部尚书王铎为了给各部署配备工作人员，这段时间已经忙得焦头烂额。如果自己将凌义渠革职查办，连带的，应天府衙门内也有很多凌义渠的亲信要清除，这将会给吏部本就艰难的工作雪上加霜。
根据杨毅查询得知，此人的百科资料上说他在明亡后没有投降任何一个敌对势力，而是悬梁自尽了。如此看来，凌义渠也算是对大明朝廷忠心耿耿的一个大臣了。
只是，可能处于历史局限性的原因，他没有从一个历史的高度去看待应天府范围内粮价暴涨的事情。对粮价暴涨的事情，他没有杨毅看得那么重，没有察觉其中的危险性。加上钱谦礼的身份背景，就对此事睁一只眼闭一只眼，不闻不问了。
现在皇帝过问起来，他也没有勇于承担责任的担当，而是百般推脱，试图降低自己的罪责。
杨毅对这一点有些不满，却又下不了决心就此将他革职查办。撤掉凌义渠容易，但继任者难道就会比他做得更好吗？
杨毅考虑了一下，觉得凌义渠对应天府的所有事情都很熟悉。从利于工作的角度来说，现在应天府的工作还是要靠凌义渠来维持，杨毅没必要大动干戈。
于是，杨毅对跪着的凌义渠说道：“你不仅是失职，而是在纵容犯罪。你可知道粮价暴涨会带来什么后果？老百姓会因此吃不起饭，会落草为寇，会当土匪、造反。今天我不治你的罪，给你一个戴罪立功的机会，但你必须配合三法司将此事调查清楚，给我一个交代。”
凌义渠本性不坏，听到粮价暴涨竟然有可能引发老百姓造反后，才猛然惊醒，知道自己纵容钱谦礼等人操控粮价犯了一个大错。然后又听到皇上不治自己的罪，让自己戴罪立功，自然马上答道：“微臣遵命，一定会配合三法司，将此事调查清楚。”
至于钱谦益，这时已经被他抛到九霄云外去了。只要自己的官位能保住，即使与钱谦益结仇也顾不得了。哪怕现在南京成了临时首都，礼部尚书实权大增，却也威胁不到作为应天府尹的凌义渠。此时此景，他只想先应付了皇帝再说。
杨毅点了点头，凌义渠还是很识时务的，没有任何迟疑，让他比较满意。
吩咐完凌义渠，杨毅再转头对张慎言、刘宗周等人问道：“此事大家已经知道，你们看应该怎么办？拿出一个章程来。”
几人互相望了一眼，刑部尚书张慎言道：“回陛下，此事我们尚不清楚具体情形，不便下结论。微臣建议，先由都察院带头，刑部、大理寺、应天府配合，将应天府范围内的粮价涨到何种程度，有哪些粮商参与，都有些什么关系背景调查出来，再谈下一步的处理。”
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