杨毅点了点头，问刘宗周道：“刘御史，你觉得张慎言这个建议怎么样？”
刘宗周回道：“微臣赞成张尚书的意见，我们先调查清楚情形再谈下一步的处理。”
杨毅又点了点头，道：“那好，按张慎言的意见，就以都察院为首，刑部、大理寺、应天府为辅，组成联合调查组，调查南京及应天府粮价暴涨一事。中原大地流民四起，就是因为老百姓没饭吃，才跟着李自成造反，导致北地尽失，朕也不得不迁都南京。因此，此事你们必须引起重视，不得偏袒任何人、隐瞒任何事，无论涉及到谁，都必须给朕如实报上来。为了防止有人通风报信，导致消息泄露，嫌犯逃离，朕将派几名锦衣卫进入调查组，专事监督调查组的工作。他们不参与调查粮价暴涨一事，但会监督你们有没有认真调查，有没有徇私舞弊，然后奏报给朕。”
闻听皇上要派锦衣卫进入调查组，刘宗周等人均皱起了眉头。刘宗周道：“皇上，您不是说要削减锦衣卫的职能，不再胡乱插手各部署政务了吗？为什么现在又要锦衣卫参与此事？”
杨毅摇了摇头，道：“刘御史理解错了，朕并没有让锦衣卫参与此事。他们没有调查权、没有逮捕权、也没有刑讯权，只是监督汇报调查组的工作而已。而且，我刚才说了，此事如果不及时处理，很可能引发老百姓造反。说严重点，这些粮商的无序涨价行为，就是在危害大明江山，危害朕的统治基础，完全可视之为谋逆。因此，朕派锦衣卫监督调查组，也是理所当然的，否则朕如何安心？”
刘宗周等人细细一想，觉得皇上说得也有道理。而且这次锦衣卫并不是像以前的锦衣卫那样可以直接调查、逮捕、刑讯官员，他们只是监督调查组的工作，汇报给皇上而已，对调查组成员的人身安全并无直接的威胁。
刘宗周舒了一口气，点头道：“好吧，此事就按皇上的吩咐办。微臣回去就调派人手，和刑部、大理寺、应天府组成联合调查组，对此事展开调查，半个月之内当会给皇上一个调查结论。”
杨毅再吩咐张慎言道：“为了防止走漏风声，嫌犯逃跑，张慎言你要安排捕快，着私服便衣，全天候监视嫌犯，不要让他们逃离我们的掌控。”
张慎言点头应是，众人又商议了一下调查组的人数规模、调查范围等事情后，刘宗周等人就退出皇宫，组建调查组去了。杨毅也叫人将王承恩找来，吩咐他派几个有原则、机灵的锦衣卫，进入调查组，监督调查组的工作。
崇祯十七年五月初六，以南京都察院为首，刑部、大理寺、应天府为辅，皇帝亲自关注的南京粮价暴涨案调查组成立。调查组成员数十人，由督察院左都御史刘宗周为调查组组长，对应天府范围内各大粮商囤积居奇、胡乱涨价一事开始展开调查。
并且杨毅吩咐，如果粮价暴涨范围超过应天府，调查组可以奏请皇帝后扩大调查范围，一定要将此事彻底调查清楚。
调查组成立，开始查案后，杨毅又恢复了自己的日常生活。
杨毅来自后世，看多了蓝领、白领、淘宝店主经常过劳死的新闻，不想自己美好的皇帝生活还没享受够，就被工作给累死了。因此，他对朝政的热衷程度比原来的崇祯帝朱由检降低了很多很多。