朱棣占领莫州后回退到白沟河恢复和积蓄实力，后攻打真定，燕军张玉、朱能等正面进攻，朱棣率奇袭部队后方进攻，大败耿炳文军，耿炳文入城不再迎敌。
燕军击退安陆候吴杰的援军，朱棣连攻三日不下真定后撤军回北平。
耿炳文战败的消息传回南京，建文帝以曹国公李景隆代替耿炳文，再次调兵五十万伐燕。
同年九月，朱棣得知辽东军队攻北平屏障永平与李景隆南上的消息，为防被两面夹击，先救援永平，再引导李景隆攻北平后回师夹击，令世子朱高炽留守北平。
朱棣成功守住永平，着手攻占大宁，收买朵颜三卫，挟持宁王朱权。
建文四年（1402年），朱棣挥师南下，历经四年，于六月攻破帝都应天（今南京）。
同年六月己巳，朱棣拜谒孝陵，在南京奉天殿即皇帝位，随后祭告天地，宣布革除建文年号，改当年为洪武三十五年，次年为永乐元年。
即位后，朱棣开列“奸臣榜”，诛杀部分建文朝臣，如方孝孺及其宗族亲友被杀者八百七十三人；
对靖难功臣进行封赏，恢复凡建文年间贬斥官员的职务。
朱棣在位期间，在政治方面，着手削藩、革除旧臣，确定迁都一事，下令营建北京城，发展法制，恢复洪武旧制，强调与民休息，不兴严法，设立内阁和东厂以加强专制统治；
军事上，下令重修万里长城以解除北方少数民族对中央政府的威胁，管辖黑龙江、乌苏里江等地，在奴儿干地区和哈密地区设置机构管理，征讨蒙古、安南等地，在京师设立三大营并调整边防指挥系统，打击沿海倭寇；
经济上，疏通运河，大力发展和完善军事屯田制度与盐商管理制度，保证军饷和边饷供给，鼓励农民垦种荒闲田地以促进生产；
文化上，下令编纂《永乐大典》等书，维持社会稳定，尊儒重道，对佛教也保持信奉态度；
民族方面，实行改土归流政策促进当地发展，对蒙古采用赏赐、瓦解和平定等手段，分封西藏掌管一方、具有一定实力的多位高僧，将满洲各女真部落加入明朝的纳贡制度；
外交上，派遣郑和下西洋，加强中国与世界各国的交流，设置市舶司、会同馆等机构接待朝贡使者与宾客，和西域、朝鲜保持良好外交关系，与日本建立国交。
永乐二十二年（1424年），朱棣病逝于北征返程途中，享年65岁，在位22年，后葬于长陵（今北京十三陵），庙号太宗。
明世宗嘉靖时，改其庙号为成祖。
全书完。
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