长江北岸有三个运河口：瓜洲运口、仪真运口和白塔河口。
江浙来的漕船一般通过瓜洲运口北上。陈瑄动员镇江、扬州、常州、仪征等地二万余人，疏浚瓜洲坝河道，并设置两座减水闸，成为比较完善的通航枢纽。湖广、江西及长江上游来的漕船沿长江东下，一般进入仪真运口，进入仪扬运河。陈瑄对仪真运口和河道大力疏浚，使它们方便通行。
运河的另一过江通道是泰州白塔河。江南来的船舶从孟渎河到达长江，再沿长江上溯三百里，到达瓜洲运口，然后北上，不仅跑冤枉路，而且江水滔滔，很不安全。
而离孟渎河不远，有条水浅狭窄、行船不便的白塔河。陈瑄大力开凿白塔河，直通长江。这样，江南来的船出了孟渎河，通过白塔河，就可以直接北上了。
运河淮阴至徐州段，借黄河河道运输。黄河经常决口，一条大河变成很多条小河，船走不了多远就容易搁浅。而在百步、吕梁，却是乱礁纵横交错，水势汹涌，一不小心，船只撞上礁石，一船货物就泡了汤。陈瑄组织人力凿掉乱礁河段的巨石，建立闸门蓄水。黄河水变得平缓，行船安全了，运河北上的通道变得顺畅。
淮扬运河以西是大大小小的湖泊，在广阔的湖上行船也不安全。陈瑄全面督浚淮扬运河，增筑高邮河堤，在高邮湖堤内凿渠四十里，避开风涛之险。又大筑宝应、汜光、白马诸湖长堤，运输条件则大为改善。
陈瑄沿运河建立大型物资转运枢纽，在淮安、徐州、济宁、临清、德州、通州等地建立大仓库，漕船分段运输，保证北京供应。沿运河一线，建设近六百个管理处，有士兵保卫运河、引导船只，如果船只搁浅，则有专人拉纤（即“纤夫”）。他们光着脊背，喊着整齐的号子，拉着大船艰难跋涉，豆大的汗珠吧嗒吧嗒地落在石堤上。
运河上的纤夫，的确是一幅不错的绘画素材。
陈瑄还建设很多水闸和水库（即“水柜”），使运河雨季行船安全、旱季河不干涸。
这样，大运河的运输能力大大增加。
陈瑄运粮，由以前的每年二百万石增加至五百万石，朱棣不再担忧北京的吃饭问题了。
大运河由此开启长达五百余年的物流繁荣，成为沟通南北的黄金水道，成为中国空前融合的纽带，成为明王朝的生命线，其作用不亚于今日的铁路！
直至宣德八年（1433年），六十九岁的陈瑄在淮安一线勘察水利，倒在其为之治河数十年的河堤之上，不幸病逝……宣宗追封其为平江侯，隆重地举行国葬。他为治水贡献毕生精力，做的运河规划，目光长远，精密周详，治理漕河三十年，从未失误、犯错，功勋远超东周时期的水利专家郑国。
而这陈瑄虽然一开始为武将，但被永乐帝朱棣却安排于一个风马牛不相及的漕运总兵官，负责物资运输，直让人笑掉大牙。
但这陈瑄在此位上，一做便是数十年，做了一件泽被苍生的大事情----疏通京杭大运河，最后倒在为之奋斗终生的河堤之上，这与大半生在海上航行，最后魂归大海的郑和却是何等的相似。
大运河通了，但老百姓的负担并未减轻。每年五百万石粮食自湖广、江西、浙江及苏州、松江府运到北京，三千里路，艰难跋涉，但是朝廷不出一分运费，全由百姓承担。