皮岛明军虽然占据地利优势，但是孤岛四面漏风，防御上还是捉襟见肘的。
一旦清军突破外围的水师防线，便可四面攻岛。
不出意外，此战仍应该是一场摧枯拉朽的轻松大战。
然而，在皮岛军民顽强抵抗下，建奴第一波攻岛损兵折将并未成功。
皇太极见贝子硕托攻皮岛久不下，又命阿济格率兵一千往助攻。
阿济格是武英郡王，即朝鲜史料中的四王子。
其所率部队当是建奴八旗的精锐，这一千精锐极有可能是护军精兵。
另外，朝鲜实录还记载“清将马夫达领舟师七十余艘袭破椵岛（即皮岛）”。
说明当时建奴还另外调动了马福塔所率水师来增援。
第二波攻岛部队新增加了阿济格部的一千精兵以及马福塔的清军水师。
整体上实力更上一层，足以体现当时建奴对皮岛的重视程度。
第二阶段攻岛，皮岛明军仍然可以在海上击败建奴，并让金玉和部不敢进援。
这足以说明在第一阶段，清军并没有对皮岛的海上力量造成过大的伤亡。
否则明军不可能在第二阶段，还能使加强后的清军水师失利。
第一阶段清军可能连岸都没登上去，全在海上跟明军消耗了。
阿济格是郡王级别的人物，其参与过松锦等大小战役。
多次出征明朝，是有名的骁将，其在朝鲜克五城，素以攻坚见长。
皇太极派他来接替指挥，足见其对皮岛战事的重视，也侧面反映了攻克皮岛的难度之大。
第二阶段由于结果胜利，史料记载相比第一阶段更为详细，
但建奴实录仍然抹去了一部分失利的记载。
在海上清军依然受挫，但毕竟占据了极大优势，最终还是突破了皮岛明军的海上防线，俘获大船72艘。
开始登陆作战后，也并不顺利，建奴在登岛后遭到明军反击，由于没有后援，伤亡较大。
清军在登陆作战中遭到了明军的滩头反击，水师又与登陆部队脱节，无法提供支援，导致了登陆部队失利。
故在第二阶段前期，皮岛战局仍然是“坚守不能克”的状态。
总的来说，正面强攻，明军可以在滩涂上集结大量兵力，抵消掉清军的火力优势，将清军反推下海。
四面环海的孤岛，即是劣势，亦是优势。
但对明军如此，对清军也是如此。
四面环海，意味着清军可以多面夹击，而明军却没有足够人力四面防守。
所以在四月初五，反应过来的建奴重新制定了作战计划。
建奴分兵两路奇袭，以八旗护军精锐为先锋，各步军伴随，负责偷袭皮岛西北隅山嘴。
而以八旗骑兵和四边城军四百以及汉军全军，三顺王军，朝鲜军负责正面佯攻。
同时马福塔石廷柱等人在后压阵，壮大声势，吸引明军注意力。
夜袭时间定在了半晚，在夜幕掩护下分批乘坐小船进攻。
这样即使被明军发现，也可以最大限度地避免被明军火炮杀伤。
四月初六日，阿济格致书皮岛总兵沈世魁，劝其投降，但遭到拒绝。
以至于阿济格在战后还为此骂道：
“再三移檄，指教生道，而渠等不聪，虽尽杀无悔。”