扩大战争
1941年2月3日，面对德国在欧洲大陆的胜利，日本政府提出 1941年裕仁一家的合影了《帝国对印度支那、泰国实施纲要》，裕仁的说法是:“我自己的原则是不喜欢乘人之危提出要求，干所谓趁火打劫的事，但面对今日世界的大变动，如果造成宋襄公之仁的后果也不好。”
1941年发动太平洋战争特别是对美开战前夕，他的真实想法是:“日本拥有一支多年培养起来的陆海军精锐部队，如果关键时刻不允许它崛起，那么随着时间的流逝，石油便会渐渐枯竭，舰队便会开不起来，如果人造石油对此可以进行补给，那么日本的产业几乎全部都要毁掉的。那样的话，就要亡国。这样一来，如果被提出无理要求，就要无条件投降。国家就会灭亡。”这说明他是铁了心的准备开战的。但他又顾虑如果战争失败，将会累及皇室，于是让皇族担任的海陆军两总长辞职，换上杉山元和永野修身担任海陆军总长。杉山元保证“百日之内即可告捷”。裕仁却反问道:“中国战事不是还没有解决么?那 1943年召开会议太平洋岂不是比中国更大?”军令部长永野修身从旁辩解，只能像对待重病病人一样，开刀死中求活。裕仁还是顾虑风险太大，不同意组成皇族内阁，他准备万一战争失败才这么干，实际上也是失败后才组织东久迩稔彦皇族内阁收拾残局。他对换上东条英机接任总理表示满意，理由是东条做好了战争准备。东条后来在审判的时候说漏了嘴。东条说据他所知道的，整个日本军队，就没有人敢违抗天皇的意志，连出现这种想法都是荒唐的。人是不可能和神对抗的。天皇哪怕一个微小的暗示，就足以让军部费尽心思猜测圣意如何了。在开战的最后一刻，裕仁吟颂他祖父在日俄开战前下决心的诗:“四海皆兄弟，何缘起风波。”批准了对美开战。对珍珠港的袭击，裕仁也是亲自向海军军令部长永野质询。“海军决定何时出击?”“12月8日。”“那岂不是周一?”“夏威夷时间正好是周日。”“那朕就可安心了。”
在经过了初战重创珍珠港美国海军并侵 1943年视察军队占了东南亚的辉煌胜利后，日军在中途岛惨败的消息震动了裕仁，其曾不安地表示，“目前战局难以乐观，一旦丧失了制空权，就会有被切断、各个击破的危险。我的陆海军，就是败在了对于美军的过于轻视。”
昭和19年(1944年)新设军需省，对于飞机的产量以年产5万架为目标。不过，裕仁对于时局也有了些比较清醒的认识，“陆海军总是缺乏协调，万一出什么意外，必然雪上加霜。5万架谈何容易?恐怕连一万架都很难吧?军部定这种目标真是有问题。”虽说如此，不过并不意味着裕仁可以如同一个“天使”一般对战争不用负责。
西南太平洋溃败后，他不断敦促日军发动反攻以振作士气，结果日军就发动了一号作战以打通大陆交通线。菲律宾决战中，也是他不明实际，听信了海军台湾海空战大捷的假情报，命令参谋濑岛龙三把决战地点从菲律宾改到莱特岛，结果造成空前的惨败。当海军向其报告“神风攻击”的消息后，他立即表示，“非这样不可么?不过这样做很好。”
1945年4月，在冲绳战役期间，冲昏了头的裕仁问海军军令部长及川古志郎，“海军难道没有军舰了吗?”逼得海军赶快搞了个“大和”号自杀冲锋。
战败投降
随着战事的吃紧，裕仁则开始更关心自己的命运，也就是日本天皇制能不能得到保留。
1945年3月18日，裕仁巡视了遭到美军大轰炸后的东京市区，不由感叹其惨象尤胜当年的“关东大地震”。在美军于广岛，长崎投下原子弹后，裕仁终于意识到了败局已定。8月9日下午11点50分，紧急于防空洞召开了御前会议，同意外务大臣的意见:投降。
裕仁和当时的首相铃木贯太郎主张日本投降。由于委员会中的政治和军事成员就是否投降无法达成一致意见，首相要求天皇做出最后的决定。
1945年8月14日早上，最后一次的御前会议上，裕仁特别穿上了陆军元帅服，左胸佩带象征皇室的菊花勋章，无可奈何地同意投降接受波茨坦公告。作为决心停战的理由，天皇在独白录中举出以下两条:第一，如果这样下去，日本民族就会以灭亡而告终，我就不能保护赤子了。第二，在扞卫国体这一点上，木户也与我的意见相同，如果敌人在伊势湾附近登陆，那么伊势、热田两神宫就会立即在敌人的控制下，来不及转移神器，也就没有确保它们的希望了，这样就很难扞卫国体了。所以，当时我想，即使牺牲，也一定要讲和。也就是说，估计守麦克阿瑟和裕仁住三种神器中的伊势神宫的八咫镜和热田神宫草剃剑无望，是决心停战的理由。