政治
康熙亲政不久后，便宣布停止圈地，放宽垦荒地的免税年限。他还着手整顿吏治，恢复了京察、大计等考核制度。为了防止被臣下蒙蔽欺骗，康熙还亲自出京巡视，了解民情吏治。其中最着名的是六次南巡，此外还有三次东巡、一次西巡，以及数百次巡查京畿和蒙古，此举极大的促进了康熙对民情的了解，他还亲自巡视黄河河道，督察河工，并下令整修永定河河道。
康熙晚年倦勤，导致官吏贪污，吏治败坏。康熙四十九年（1710年），御史参劾户部堂官希福纳等侵贪户部内仓银六十四万余两，牵连的官吏多达112人。康熙说“朕反复思之，终夜不寐，若将伊等审问，获罪之人甚多矣”。最后只把希福纳革职，其余官吏则勒限赔款。
军事
统一台湾，开府设县
初步形成了剿抚并用的方针，即“乱则声讨，治则抚绥”（《清圣祖实录》卷180，康熙36年2月壬寅），“仰凭天道，俯惬人情，以万不得已而用兵”（《御制亲征平定朔漠方略序》）。康熙认为：“帝王治天下自有本原，不专恃险阻”，“守国之道惟在修德安民，民心悦则邦本得，而边境自固，所谓众志成城者是也”（《清圣祖实录》卷151，康熙三十年五月丙午）。为了维护祖国统一，康熙二十二年（1683年），康熙以施琅为福建水师提督，收复了台湾。康熙二十三年（1684年），清政府在台湾设一府（台湾府）三县，即台湾县（今台南）、凤山县（今高雄）、诸罗县（今嘉义），隶福建省，并在台湾设巡道一员，总兵官一员，副将二员，兵八千。在澎湖设副将一员，兵二千。从而加强了中央对台湾的管辖，促进了台湾经济文化的发展。
平定三藩
所谓“三藩”，是指镇守云南的平西王吴三桂，镇守福建的靖南王耿精忠和镇守广东的平南王尚可喜之子尚之信。自清初以来，他们各霸一方，形成几股割据势力。“三藩”都拥有大量武装。特别是吴三桂，“功最高，兵最强”，积极储将帅，习武备，使“四方精兵猛将，多归其部下”。他们仗着自己日益壮大的力量，飞扬跋扈，不听约束，给清廷以很大威胁。而且所耗军费巨大。写真1673年三月，以尚可喜请求归老辽东，但请求留其子之信继续镇守广东为引线，引发了是否撤藩的激烈争论。最后康熙帝认为“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利”，决定下令“撤藩”。
十一月，吴三桂在云南发动叛乱，提出反清复明，并于次年派将率军进攻湖南，攻陷常德、长沙、岳州、澧州、衡州等地。他又派人四出散布檄文，声讨清朝。广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等许多地方大员纷纷反清。接着，福建耿精忠亦反。在短短数月之内，滇、黔、湘、桂、闽、川六省收复，一时间清帝国危在旦夕。随后，陕西提督王辅臣、广东尚之信等也相继反叛，叛乱扩大到广东、江西和陕西、甘肃等省。
1676年（康熙十五年）十月，福建耿精忠在清军进攻下，被迫投降。广东的尚之信也于1677年投降。闽、粤以及江西都先后陷落。1678年八月，吴三桂死，其部将迎立其孙吴世璠继位，退居云贵。此后，清军先后收复湖南、广西和四川。1681年，清军攻破昆明，吴世璠自杀。
平定准噶尔叛乱
清初，西北方居住的蒙古分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附大清，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部，也与清政府关系密切。
噶尔丹起兵被粉碎以后，喀尔喀蒙古各部又回到了原来的居住地。在清政府的帮助下，噶尔丹暂时退兵。
玄烨设置将军和参赞大臣率兵驻守科布多和乌苏雅台等重镇，加强了对喀尔喀蒙古各部的管理和统治。
雅克萨自卫反击战
明末清初，沙俄在亚欧大陆上不断向东扩张，并于17世纪中期侵入了东北亚外东北地区。沙皇多次遣使来清，要求建立外交和通商关系，但[因俄国侵占清帝国领土等问题而遭到清政府拒绝]。此外，由于清初帝国内部尚未安定，所以直到17世纪80年代中期，康熙才对黑龙江地区的俄国据点雅克萨采取了有力的军事行动，扞卫了东北边疆一百五十多年的和平稳定。
管理西藏
在西藏问题上，康熙除了承继顺治帝尊敬并册封达赖政策外，还派兵于1718年至1720年（康熙五十七年至康熙五十九年）间入藏，击败了占据西藏北部的准噶尔汗国军队。此后，清朝分兵驻藏，并任命康济鼐和颇罗鼐二人协助达赖班禅分理前后藏事务。
经济