满族的先世女真人以射猎为业，每年到采捕季节，以氏族或村寨为单位，由有名望的人当首领，这种以血缘和地缘为单位进行集体狩猎的组织形式，称为牛录制。
八旗的最小单位是牛录(牛录意为大箭;额真，又称厄真，意为主。满语:niruiejen)，每300人为一牛录，设牛录额真1人;牛录既是一种社会组织，也是作战时的一个单位编成，每牛录300户，每户出一个壮丁，父死子继，兄亡弟代，在全军出动时才有每牛录300人。一般作战，每牛录只有几十人。
5牛录为1甲喇(队)，设甲喇额真(参领)1人;
5甲喇为1固山，设固山额真(都统、旗主)1人，副职一人，称为左右梅勒额真(副都统)。
八旗的组成是满洲八旗300牛录，其中包括约100个已经满族化的蒙古牛录，纯粹满洲牛录仅210个。蒙古八旗129牛录和汉军八旗167牛录。终清一代牛录的数字增加不多。
据史籍记载，当时编有满洲牛录308个，蒙古牛录76个，汉军牛录16个，共400个。此时所编设的八旗，即后来的八旗满洲。清太宗时，又建立八旗蒙古和八旗汉军，旗制与八旗满洲同。八旗由皇帝、诸王、贝勒控制，旗制终清未改。
八旗初建时兵民合一，全民皆兵，凡满洲成员皆隶于满洲八旗之下。
旗的组织具有军事、行政和生产等多方面职能。入关前，八旗兵丁平时从事生产劳动，战时荷戈从征，军械粮草自备。入关以后，建立了八旗常备兵制和兵饷制度，八旗兵从而成了职业兵。清定都北京以后，绝大部分八旗兵丁屯驻在北京附近，戍卫京师的八旗则按其方位驻守，称驻京八旗，俗称京旗，实即禁军。另抽出一部分旗兵派驻全国各重要城市和军事要地，称驻防八旗。八旗有一套完整的制度。如封爵，崇德元年(1636)始定亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公、镇国将军、辅国将军、奉国将军9等。八旗按引军旗色定户籍。八旗兴办宗室觉罗学、官学等，课其子弟。
清代的八旗军，包括八旗满洲、蒙古、汉军，在行军、驻营时所居的位置是固定的。据说是依“五行相克”说制订的。在《八旗通志》中有如下的记载:“两黄旗位正北，取土胜水。两白旗位正东，取金胜木。两红旗位正西，取火胜金。两蓝旗位正南，取水胜火，水色本黑，而旗以指麾六师，或夜行黑色难辩，故以蓝代之。”
京旗各佐领在行政上归本旗都统管辖，但在军事系统上，又按照兵种，将前锋、护军、马甲、步甲独立编营。其中，骁骑营(马甲)、护军营、步军营(步甲)均按旗分设，前锋营按左右翼分设。护军营与前锋营平时警卫宫禁，皇帝外出时扈从行营，是八旗兵的精锐。以后陆续增设虎枪营、火器营、健锐营、善扑营、神机营(火枪)为特殊兵种。
康熙年间开始，八旗逐渐移居城外，因为当时在西郊营造圆明园，便从北京城内抽调八旗官兵前往保护安全。圆明园落成后，几朝皇帝每年都要在圆明园住上几个月，并设朝理政，圆明园事实上已成紫禁城之外的另一座皇宫。为了护卫圆明园的安全，于雍正二年(1724年)设立八旗护军营规划为:镶黄旗驻圆明园后树村西，正白旗驻树村东，镶白旗驻长春园东北，正黄旗驻萧家河村北，正红旗驻北安河桥西北，镶红旗驻玉泉山东北，正蓝旗驻海淀东，镶蓝旗驻颐和园南蓝靛厂。八旗兵驻扎城外，在地名中可以反映出来，比如“厢红旗”、“蓝旗营”等。
清代禁旅八旗顺治年间约有兵丁8万，乾隆年间为10万余人，清末增至12万余人。禁旅八旗以满洲八旗为主，遇有战事，派出作战，战毕撤归京师，为清朝基本的军事力量。
京畿驻防的驻防地，分为几大类。如顺义、昌平、三河、良乡等地，均是最靠近北京城区的地方，他们实际上是作为京城护卫的外围。更远的驻防地，如保定、太原、沧州、德州，均是从北京向各个方向的交通要道。起初清廷重点布防于南方，特别是东南。后来到了康熙中期之后，准噶尔等势力崛起，故而康熙帝开始将京畿驻防中薄弱的北方地区进行加强。
直省驻防，指的是清代在各行省设立的驻防地点。最初多是临时性的驻扎。后来，其中的某些重要地区的驻防陆续成为定例，就形成了清朝直省驻防的结构。
顺治十七年(1660年)，谕令固山额真清文仍称固山额真，汉文称为都统;梅勒章京汉文称为副都统;甲喇章京称为参领;牛录章京称为佐领。这样，牛录(佐领)-甲喇(参领)-固山(都统)逐渐成为八旗都统的分层管理机构。