在原作的第一部快要完结时，主角团们会知道一个，对于他们来说极其残酷的，有关整个世界的真相。
从来就没有所谓的宽恕和原谅，人类始终是赤与蓝之神的弃民，盖亚教廷对当年所述的一切全是谎言。
七贤者的死因并不是自裁谢罪，实际上他们从未向神灵屈服过，如今的人世间都是他们奋战的结果。
所谓的神造之神赫尔梅斯，实际上是一种类似高达机甲的巨型构物，由黑白使徒作为其核心操控它进行灭世。
在当年那场千年灭世之中，负责操控赫尔梅斯的白翼使徒伊丽丝，在关键时刻被七贤者之首伊扎克成功策反。
他们联合起来袭击了黑翼使徒伊邪丽丝，虽然没有将她彻底消灭，但也成功斩断半边翅膀，导致黑翼使徒陨落。
随着白翼使徒被策反，并导致了黑翼使徒的陨落，神造之神赫尔梅斯终于停止，赤与蓝之神授意的灭世也无果而终。
之后七贤者与白翼使徒继续联合，让白翼使徒伊丽丝假扮为现世神盖亚，编造了如今盖亚教廷的宣传口径。
但他们确实终止了假学的传播，因为说到底使徒并不是主人，无法真正的操控神造之神赫尔梅斯。
如果让假学继续在世界传播，黑雾污染的面积持续不断扩大，那么就会有新的黑白使徒诞生，操控赫尔梅斯完成那未完成的灭世。
所以七贤者主导成立的盖亚教廷，才以一种一刀切的方式，将旧日假学的一切给尽数埋葬。
还在盖亚教廷之上成立秘密的内院，他们清楚千年灭世时发生的许多真相，职责就是在七贤者都不在以后，继续领导这个世界埋葬假学。
白翼使徒伊丽丝的寿命并非无限，当她死后由提前培养的复制人，继续扮演现世神盖亚的角色，于是真相就这么被一代代的隐瞒与传递下去。
然而等到系列的第二部时，新一批主角团们才会在不断的冒险中，知道了真相背后的真相。
赤与蓝之神并非是世界的创造者，他们是从外星降临而来的侵略者，这个世界真正的神灵是所谓“绿之神”。
绿之神作为土着神灵，根本无法击败能够星际旅行的赤与蓝之神，于是缩到了世界最深处苟延残喘。
但他终究是这个世界的本源意识，权柄并没有被彻底剥夺，所以依旧能够通过另一种形式，不断影响被赤与蓝之神掌控的外界。
比如黑雾在正常情况下，是不会造成前文提到的那种影响，只是一种正常的污染现象而已。
之所以这个世界中会导致自然枯萎，被黑雾感染的动植物，对人类——确切地说是赤与蓝之民——有着极强的憎恨，这都是源自绿之神的影响。
但绿之神的真正杀招在于“千年之兽”，原作中关于千年之兽的信息并不多，所以不少是戴文瓘的推测。
虽然说千年之兽的诞生和黑雾有关，但千年之兽和假学之间应该不是强关联，真正孕育他的是文明程度而非假学本身。
千年之兽应该是一种因文明到达一定程度，就会诞生出来毁灭世界的存在，只不过七贤者这一次轮回体现为假学。
因为在他们成功停摆赫尔梅斯，将假学给彻底埋葬以后，并不能完全阻止千年之兽的诞生。
然而赫尔梅斯诞生的最大目的，并不是毁灭触怒赤与蓝之神的人类文明，而是为了保证人类文明不因为千年之兽而被彻底摧毁。