奈何朝廷在各省卫所兵战力稀薄，难以形成有效战力，没法以雷霆之势平叛，导致朝廷被迫依仗地方土兵。
这群土兵骄傲自满，听调不听宣，使叛军迅速流窜数省，严重影响朝廷声望，地方百姓生活。
今朝廷强化在各省卫所兵，无需掣肘于地方土兵，终于成功覆灭西南叛乱的罪魁祸首。
朱由校通读完奏折，让刘若愚将奏折传达李国普，孙承宗，杨肇基，令其通读，出谋划策。
良久，百官通读完奏折，李国普率先出列，进言说：“陛下，依照朱总督所言，各路大军覆灭奢安叛军，然而，云贵川黔各地依然存在零散叛军，朱总督派兵前去镇压，末将以为奢安被俘，叛军基本平息，无需大动干戈。”
闻言，杨肇基驳斥说：“阁老，斩草不除根，春风吹又生，西南地形复杂，各族混杂，平叛当赶尽杀绝，不然，容易死灰复燃。奢安叛军起起伏伏，数年未能彻底平叛，即是最好的证明。”
这时，孙承宗亦出声说：“陛下，臣支持李阁老的建议，奢安被俘，无需大动干戈，朝廷在西南囤积重兵，每时每刻都要花钱，浪费朝廷财力。”
朱由校微微颔首，视线转向吴牲，梅之焕询问：“诸卿以为呢？”
吴牲掷地有声说：“陛下，臣支持杨都督的建议，既然朝廷在西南投入大量人力物力财力兵力，当彻底肃清西南残兵，甚至主动斩杀首鼠两端的土司，好便于朝廷施行改土归流。”
梅之焕出声说：“陛下，臣出身湖广，略微清楚各地土司的情况，各地土司明面归属朝廷，实际在地方作威作福，俨然是当地的土皇帝。
臣私以为，既然朝廷决定实施改土归流，自当狠狠敲打各地土司，甚至可以趁着大捷，以勾结奢安叛军的罪名，抓捕一批土司。”
闻言，朱由校满意的点头。
早前朱燮元上书，商讨平叛事宜时，朱燮元建议斩杀或俘虏奢崇明，安邦彦，即等于叛乱平息，无需大动干戈。
为此，他特意颁布圣旨，告知朱燮元除恶需斩草除根。
朱燮元不能未雨绸缪，他却心似明镜，川黔两地奢安起义结束，不久，云南将出现沙普之乱。
沙普之乱，从崇祯初年延续到吴三桂入西南。
这一世，吴三桂铁定没入西南，故而，为提防云南沙普之乱，朝廷需深耕云南。
朱由校敲了敲龙案，斩钉截铁说：“杨卿所言不假，斩草不除根，春风吹又生，既然朝廷决定在西南各地土司内实行改土归流，自然要狠狠消弱地方土司势力。”
“当前，朕准备依照计划派遣部分秦军永镇大方城，部分秦军入云南，永镇云南。
另外，趁着许成名，杜文焕率领黔军，秦军杀进云南，当狠狠惩治一批与朝廷离心离德的土司。
无需害怕土司临时起兵作乱，朝廷宁愿多花费些钱粮，时间和兵力，也彻底推行改土归流，以免部分土司做大，又起兵对抗朝廷，导致西南始终处于混乱中。”
此言出，乾清宫内的几名朝廷重臣，全惊讶于朱由校对整饬西南的决心和毅力。
孙承宗忧心忡忡说：“陛下，朝廷将海量兵力，钱粮投放于西南，容易给辽东建奴喘息的机会，臣以为，此事当从长计议。”
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