这时，场外响起了三声炮响，报时官来报：“曲大人，午时三刻已到，可以行刑！”
曲亦正站立起来，从签筒里抽出一支令箭，抛在地上，大声喝道：“午时三刻己到，台下先行刑！”
刽子手各就各位，台下一片哭声和叫骂声，刀光闪处，人头纷纷落地。这时有两个刽子手走到台前，抓住胡氏父子的头发，把脸朝着他的家人，大声说道：“胡维庸，你们父子看清楚，这就是想造反，想谋害皇上的人的下场。”
一阵嚓嚓声过后，只听见他的两个孙子在大声哭叫道：“爷爷，我们好害怕呵！快来救我们！”
胡氏父子泪如泉涌，胡维庸叹了口气说道：“早知如此，何必当初！”
有两个刽子手把胡维庸的两个孙子提到胡氏父子面前，一下抛在地上，然后乱刀砍死后才退了下去。
曲亦正又抽出一支令箭抛在地上，大声说道：“奉皇上之令，将胡维庸父子实施磔刑！”
几个卫士忙转身去抬大木板，这时，胡维庸用尽全身力气一下跳起来，转身对着皇宫的方向，大声叫道：“各位，我胡维庸造反是事实，杀我的头我也无话可说，可是，他们不该灭我九族！朱元璋，朱和尚你听着：我胡维庸，又名胡三贵，我来世还要作奸臣，变一个能文能武的最大奸臣，名叫张三贵、王三贵、李三贵什么的，把你朱家的子孙杀得干干净净，把你明朝的江山打个稀巴烂，方泄我心头之恨！……”
曲亦正站起来，气得直跥脚，忙大声叫道：“快，快把勒口绳给他戴上，实施磔刑！”
两个卫士跑过来，抓住胡维庸，给他带上勒口绳，胡维庸翻着白眼，喉咙里发出野兽般的“喔喔” 声。众卫士一齐上前，把胡氏父子的四肢钉在木板上，然后将大木板竖立起来，撕去所有的衣服，实施残酷的磔刑。
台下众人，齐声高呼叫好。真是：尔曹身与名俱裂，不废江河万古流！
历史有它惊人相似的地方。说也奇怪，就从这年起的二百六十四年以后，即崇桢十七年（公元1644年），明朝出了个大汉奸，即镇守山海关的总兵吴三桂，手握三十万明军，却投降满清，引清兵入关，甘心为满清当鹰犬，成了历史上最大的汉奸。身为明朝大将，不思报国，却反过来干了李自成和满清没有干成的事，把明朝朱氏后裔杀得一干二净，甚至追到缅甸去把明朝的最后一个皇帝——永历帝捉回杀掉。有人猜测：吴三桂对明后裔为啥这么凶狠？可能他是胡三贵转世报仇来的，当然这纯是无稽之谈。
胡维庸九族被诛后，胡妃被贬入冷宫，不久即自杀。李存义、费聚、陆仲亨各家相继灭门，随着运动的深入，李善长也被揭岀很多问题，也全家被斩，李善长在七十八岁时也被赐死。还有南雄侯赵庸，江南侯陆聚，宜春侯黄彬，豫章侯胡美也举家被杀。真是：官高何足论，不得收骨肉。
太监云奇伤重而死，救驾有功，皇上特封他为少保太监，赐葬钟山。
通过胡维庸事件以后，皇上的猜疑之心更重了，他公开表示对谁也不信任，对于用何人为相的问题他想了很久，决定采纳刘伯温当年的建议，废除丞相制，取消中书省。把原来中书省下的六部品级提高，各部尚书直接听命于皇上。这样，不但打击了淮西集团的势力，也宣布了中国一千多年的宰相制度的终结。这样就加强了中央集团制，使他成为中国历史上权力最大的皇帝。
一天早朝时，皇上对群臣说道：“自古三公论道，六卿分职，不闻设立丞相。自秦始设立丞相，无不旋踵而亡。汉、唐、宋虽有贤相，然其闻多有小人，专权乱政。今我朝罢相，设五府六部，都察院，通政司、大理寺等衙门，分理天下庶务，彼此颉颃，不敢相压，事该朝廷总之，所以稳当。”
自从胡维庸事件以后，皇上变得来更多疑，喜怒无常，暴戾乖张，凶狠残忍。朝廷官员稍有小过，动辄斩首，甚至没家。他认为这些官员是他培养的韭菜，到时该割就割去，割去旧的，新的就会自己长出来。“该割不割，反招其祸”。 在这种思想的指导下，皇上对朝中的老臣旧臣不断去旧迎新。特别是到了洪武十五年，皇上下诏在锦衣卫下设镇抚司，有专门的法庭和监狱，锦衣卫除担负禁卫外，还从事侦察、缉捕、审讯、判刑或处决朝中大臣的权利。锦衣卫在朝廷中可以实施廷杖的刑罚，这就使不少大臣惨死在杖下。特别是只要沾上胡党的人，那是宁可错杀一千，不可漏网一人。皇上几乎每天都要杀人，他已不是过去的朱元璋，他已是富甲天下的皇上，是“真龙天子”，无论他说什么，作什么都是天意，是正确的，是真理和正义的化身。他每天所看到的是人们对他的顶礼拜膜，听到的都是歌功颂德和数不清的“万岁” 声。在他的脑子和精神已经干枯，心态严重被扭曲，心理已经变态。他每天看到那些呼天抢地，泪如泉涌，嚎啕大哭押赴刑场的人们，心里就升起一种莫名其妙的满足感和欢快感：“去死吧！死得越多，我大明江山就越稳固。”
李善长被杀的第二年，大学士叶琛曾上书皇上，替李善长辩寃，皇上置之不理，也没有治叶琛的罪，这说明皇上心中对此案比谁都清楚。李善长全家被杀，只留一子李棋，他身为驸马，曾娶临安公主为妻，才幸免于难，只是流放于浦江。
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