祖哲寿拒绝皇太极的招降后，后金军恼羞成怒。
皇太极整顿兵马，开始日夜不停地使用火炮和盾车前来攻打，大凌河城内可战之兵只有一万多，却要面对数倍于己的敌军进攻。
火炮的轰鸣和弓箭的控弦声不绝于耳，士兵哀嚎和呐喊也令人胆寒。
后金兵中的汉军为了表忠心，架起云梯就往城墙进攻。
守军也不放铳，等到云梯靠近将裹着火药的棉被等物体引燃后丢入人群和云梯，火焰迅速就将一切吞噬，被点燃的人哭喊着挣扎而死。
祖哲寿的士兵很多都是辽东本地汉人，与后金有着不共戴天之仇，野战拿对方没办法，可有城池的依仗，就表现出了极强的勇气。
一满洲将军一马当先，着三层棉甲，带三把刀，一跃登上城墙，正欲大杀四方，被五六个士兵围住，用长枪刺成了血人，割掉头颅悬在城墙之上。
登上城垛刚看了一眼城内的后金士兵还没来得及思考，就被明军用乱刀砍下城去。
久攻不下之间，就连平时悍勇无敌的满洲士兵也渐渐生起胆怯，阵线开始后移。
祖哲寿见此场景，抬起令旗大喊一声：
“开炮！”
城上的红夷大炮和各式火炮齐齐发射，糜烂数百米，将城下密密麻麻的后金军队打得瞬间崩溃，哭喊着退却而去。
……
打退了后金军的进攻，祖哲寿连忙清点伤亡，连续几天的攻防，士兵伤亡惨重。
更让其心里发慌的是，城里粮食已经不多了。
“早日突围！”
这四个字在祖哲寿心中不知响起过多少次了。
可数次赶来的援军都被后金军队击溃，使得祖哲寿越来越感到绝望。
这一天，后金军攻城又没得手，于是心生一计。
皇太极命令士兵换成明军的衣甲，这些汉人组成的后金兵们穿上明军将士的衣甲打着明军的旗帜，高喊着各种口号，假意杀向了金兵大营。
祖哲寿在城头一看，喜出望外，立即命令将佐带上士兵，亲自率兵冲了出来，想着里应外合，突出重围。
可刚打开城门杀出城，一路搏杀就要与援军汇合时，这些援军突然脱去衣甲，变成了后金兵的装束，全都呐喊着奔他而来。
祖哲寿大惊失色，这才知道上了皇太极的诱敌之计，急忙后撤。
但他此时已陷入后金兵的重重包围中，在平时厚养的亲兵死战下，这才狼狈地逃回城中。
自此以后，祖哲寿再也不敢贸然出城，苦苦在城内坚守。
之后的几天，后金军轮番攻打，各种手段层出不穷，可在满城军民的顽强抵抗下，硬是连城池的边都没有摸到。
这一天，后金军的使者又来劝降，只是语气由原来的恭敬换成了强硬。
“我大金兵已得召唤鬼神之法！我知人命可贵，尔等速速投降！可免满城百姓身死。”
听到这话，祖哲寿有些诧异，前几日皇太极还在写信忏悔自己之前在辽东纵兵屠戮百姓实在不应该，保证投降后不伤百姓和军人性命，可为何今日又来和自己说什么鬼神之法。
“使者，我们都是刀口舔血的军人，鬼神之事自然是吓不倒我们的，你请回，要战便战。”
“哼！那就让尔等尝尝地狱的滋味！”
使者走后，几天没有消息，后金军队也没有大规模的进攻。
可粮草渐渐断绝成了军民最大的问题。
大凌河城已被围困了快五十天了，城中早已断粮，城里先是杀战马食用马肉，马杀光了之后，开始吃人。