在成功稳定局势之后，联合舰队本以为能迎来一段短暂的安宁，然而，新的危机却如暴风雨般再度袭来。
一个名为“暗物质联盟”的神秘组织浮出水面，他们与末日魔兽达成了邪恶的合作。这个联盟掌握着更为先进的生物科技，将魔兽的生产线进行了全方面的进化。
进化后的魔兽变得更加强大、更加凶残，它们不仅拥有了更坚固的护甲和更致命的攻击手段，还具备了高度的智慧和协同作战能力。
联合舰队在与这些进化后的魔兽交锋中，遭遇了前所未有的困境。魔兽们能够巧妙地避开联合舰队的攻击，并且以出其不意的方式发动反击，给联合舰队造成了惨重的损失。
矛盾冲突急剧升级，联合舰队内部也出现了分歧。一部分人主张采取激进的战术，以强大的火力直接摧毁魔兽的生产线；而另一部分人则认为应该先进行深入的情报收集和技术研究，找到魔兽进化的弱点再进行精准打击。
在激烈的争论中，联合舰队的指挥官决定双管齐下。一方面，派出精锐的侦察小队，试图渗透进暗物质联盟的核心区域，获取关于魔兽生产线的关键情报；另一方面，加快联合舰队自身的生产进化速度。
联合舰队投入了大量的资源和精力，对生产线进行了革命性的改造。他们引入了跨维度物质合成技术，能够制造出具有超强韧性和适应性的新型材料，用于强化战舰的防御和武器系统。
同时，联合舰队的科学家们还研发出了一种能够干扰暗物质能量流动的装置，希望借此削弱魔兽的力量来源。
在侦察小队的努力下，他们终于发现了魔兽生产线的核心机密。原来，暗物质联盟利用了一种古老的宇宙遗迹中的能量矩阵，为魔兽的进化提供了源源不断的动力。
得知这一情报后，联合舰队立即制定了一个大胆的攻击计划。他们集结了所有的主力战舰，向暗物质联盟的基地发起了总攻。
在激烈的战斗中，联合舰队遭遇了暗物质联盟的顽强抵抗。魔兽们如潮水般涌来，联合舰队的战舰在敌人的攻击下摇摇欲坠。
但联合舰队的战士们没有丝毫退缩，他们凭借着顽强的意志和精湛的战术，逐渐突破了敌人的防线。
就在联合舰队即将接近魔兽生产线的关键时刻，暗物质联盟启动了最后的防御机制。一道强大的能量屏障升起，将联合舰队阻挡在外。
联合舰队的科学家们迅速对能量屏障进行分析，发现其存在着一个微小的频率漏洞。联合舰队集中所有的火力，对这个漏洞发起了猛烈的攻击。
终于，能量屏障被打破，联合舰队成功攻入了魔兽生产线的核心区域。他们迅速摧毁了能量矩阵，让魔兽的进化进程戛然而止。
然而，暗物质联盟并没有就此罢休。他们在逃亡的过程中，启动了一个自毁装置，试图与联合舰队同归于尽。