地貌
巴拿马全境地势起伏，沟谷纵横，除南北沿海平原外，多为山地。
水文
巴拿马河流多达400余条，较大的有图伊拉河、切波河及查格雷斯河。
气候
巴拿马地近赤道，属热带海洋性气候，白天湿润，夜间凉爽，年平均气温23～27C°。全年分旱、雨两季，年均降水量1500－2500毫米。
自然资源：
土地资源
巴拿马土地利用：耕地占8.9%，永久牧场占20.0%，森林和林地占43.0%，其他占28.1%；人均耕地0.6英亩。
矿产资源
矿产资源有金、银、铁、铜、钼、铝矾土、盐、汞、硫磺和煤等。其中，铜储量居世界第11位，待开采量居世界第4位，可开采50年，拥有世界级铜矿，但品质一般。除盐和铝矾土外，巴政府已积极准备利用外资和国内私人资本开采矿产。由于境内河流甚多，水力资源也很丰富，全国44.4%的电力靠水电。巴拿马亦盛产香蕉、甘蔗、咖啡等热带经济作物，菠萝、西瓜等水果品质高，瑰夏咖啡驰名世界。
林木资源
巴拿马森林资源丰富，而且树种多，其中不乏桃花心木、西洋杉、柚木、红木、雪松等名贵木材，东部大连省森林区分布最广，但是由於缺乏市场及基於国防与保护自然生态环境等理由，未充分开发。据粮农组织2010年估计，巴拿马森林面积为429万公顷，占陆地面积的57%。
行政区划：
区划