巴基耶夫时期
2008年12月，官方媒体公共电视广播公司（KTRK）宣布它要求自由欧洲电台提前递交节目以获许可播出。根据2005年的一项协议，KTRK应转播这些节目。 KTRK在2008年10月8日停止了对自由欧洲电台的转播。此前一周，KTRK未转播一个自由欧洲电台的节目“不舒服的问题”，声称丢失了未被播放的材料，而该节目关于10月5日的地方选举。巴基耶夫总统在2008年9月谴责这个节目偏向反对派。KTRK称自由欧洲电台节目“过于消极和过于批判”。无国界记者强烈谴责了KTRK停止转播的决定。在该组织公布的2009年度全球新闻自由指数排名上，吉尔吉斯斯坦在175个国家中排名第125。在2014年度全球新闻自由指数排名上，吉尔吉斯斯坦在180个国家中排名第97。
2009年2月3日，库尔曼别克·巴基耶夫总统宣布立即关闭玛纳斯空军基地——美国留在中亚的唯一军事基地。2月19日，议会以压倒性多数（78-1）通过了政府提交的关于废除美军租用玛纳斯空军基地协议基地的议案。然而，经过吉尔吉斯斯坦、俄罗斯、美国外交官的多次幕后协商之后，吉尔吉斯斯坦收回了关闭基地的决定。6月25日，吉尔吉斯斯坦议会批准了在美玛纳斯空军基地基础上建立转运中心的协议。新的合同允许美国人继续使用该基地，然而租费从每年1740万美元涨到6000万美元。该基地将不再叫做“玛纳斯空军基地”，而更名为“物资转运中心”，只能转运非军事物资。玛纳斯空军基地的性质由之前的美军功能全面的军事基地，转变为只能向阿富汗运输非致命性设备的运输中转中心。
吉尔吉斯斯坦是世界上二十个贪腐程度最高的国家之一：2008年吉尔吉斯斯坦的贪污感知指数是1.8（0为最腐化，10为最廉洁）。
2010年革命
2010年再次发生革命，“四七事件”与2005年的郁金香革命类似，源于该国民众对政府和总统巴基耶夫的不满。4月7日晚，反对派组建临时政府，由前外长萝扎·奥通巴耶娃担任临时总统。时任总统的巴基耶夫则逃到南方城市奥什。临时政府5月19日通过法令，委任奥通巴耶娃为过渡时期总统。法令规定，过渡时期总统的任期到2011年12月31日；过渡时期总统无权参加新一届总统选举，吉尔吉斯斯坦斯坦合法政府将于7月10日之后组建。吉尔吉斯斯坦新宪法草案于6月27日全民公决中获得通过，新宪法将限制总统权力，将许多权力过渡给总理。南部两州因为族裔冲突，于6月28日至8月10日恢复实行紧急状态。
在2011年10月举行的总统选举当中，吉尔吉斯斯坦斯坦社会民主danglingdao人阿尔马兹别克·阿坦巴耶夫获胜，于12月宣誓就职，成为总统。
2015年8月12日，吉尔吉斯斯坦正式加入欧亚经济联盟。
2015年10月28日，当选联合国人权理事会成员，任期自2016年至2018年。
阿坦巴耶夫时期
当地时间2020年10月6日凌晨，吉尔吉斯斯坦反对派支持者占领了位于首都比什凯克、集总统府和议会办公地点为一体的政府大楼“白宫”。凌晨3时左右，抗议者冲击政府大楼成功，前总统阿坦巴耶夫的儿子卡迪尔带领支持者占领“白宫”。随后，抗议者又占领了吉国家anquanweiyuanhui办公大楼并释放了在押的阿坦巴耶夫和其他前政府官员。
扎帕罗夫时期
2021年1月20日，吉尔吉斯斯坦中央选举委员会召开会议，确认萨德尔·扎帕罗夫当选总统。
2022年9月19日，吉尔吉斯斯坦宣布为国家哀悼日，以表示对吉尔吉斯斯坦-塔吉克斯坦边境地区冲突中的遇难者的哀悼。