日耳曼人入侵
259年，一支日耳曼人的部落联盟渡过莱茵河，攻克了帝国瑞士的北部边塞，从此罗马瑞士进入了战乱的年代，直到公元401年帝国军队撤出了阿尔卑斯山以北地区。从此日耳曼人统治瑞士的时代开始了。
日耳曼人统治的瑞士大体可以分为东西两个部分，西部由勃艮第部落联盟统治，他们人口数量少，文化落后在占领瑞士之后接受了当地的罗马－凯尔特人语言和文化传统；中部和东部由阿勒曼尼部落联盟统治，他们所占领的是瑞士山区和罗马化程度较低的区域，在那里日耳曼语言取得了胜利，这种东西分治也是如今瑞士法语区和德语区的雏形。
日耳曼人治下的瑞士地区先后产生了很多小的王国，这些王国相互征伐，最终于536年统一于法兰克王国，公元843年，根据瓜分查理大帝的法兰克王国的凡尔登条约，瑞士再度分裂，分属中法兰克王国和东法兰克王国。
1033年，分裂的瑞士再度归于统一的神圣罗马帝国治下，由于神圣罗马帝国皇帝和罗马教皇之间的权力斗争，德意志王权衰落，各地方诸侯势力上升，各路诸侯为了扩展自己的势力，建立了大批城市，在今天瑞士的区域，策林根家族推动建立了众多的城市，形成了瑞士特有的城镇自治体制。为日后瑞士邦联的建立埋下了伏笔。
瑞士联盟
旧瑞士邦联为阿尔卑斯山中部的河谷社群的结盟，邦联用以维护共同贸易利益及确保重要山区贸易和平。乌里、施维茨及下瓦尔登于1291年签署的《永久同盟誓约》被认为是邦联建立的最初文件，然而，在其数十年前可能存在类似同盟。
至1353年，最初的三森林州已与格拉鲁斯州、楚格州、卢塞恩、苏黎世及伯尔尼等州结盟，邦联扩张后，权力及财富皆有所增加，此后至15世纪末期才有新州加入联邦。邦联在森帕赫战役（Battle of Sempach）及奈弗尔斯战役（Battle of N?fels）中对哈布斯堡作战胜利，至1460年已控制汝拉山脉至阿尔卑斯山间的大部分地区。而后于1470年代以瑞士佣兵协助打败勃艮第公国大胆的查理。瑞士于1499年在施瓦本战争战胜马克西米利安一世后，各州获得神圣罗马帝国皇帝所默许的自治权，神圣罗马帝国几乎被迫承认瑞士独立自主。
瑞士邦联在战争中取得辉煌战果，因而其善战名声闻名于欧洲。邦联的领土扩张仅于马里尼亚诺战役遭受挫败，也终结了瑞士历史上的英勇时代，邦联自此放弃以武力扩张领土。茨温利在瑞士北部州成功进行宗教改革，但却引发各州间的宗教冲突，并于1529年及1531年爆发两次卡珀尔战争（Wars of Kappel）。于1648年欧洲各国签定威斯特伐利亚和约，承认瑞士为一独立国家并确认其为中立国。
三十年战争结束后，由于经济困难、贵族垄断政权且滥用特权，而于1653年爆发农民起义。至18世纪，天主教及新教各州的冲突仍然存在，于1656年及1712年分别发生两次维尔梅根战役（Battles of Villmergen），第一次天主教各州战胜，第二次则由新教各州战胜，伯尔尼及苏黎世两州的政治影响力则与其经济实力相符。
宗教改革时期
16世纪的宗教改革运动在瑞士广泛兴起，产生了不可磨灭的影响。