1990年代，蒙古的共产主义政权崩溃，导致两国关系降温。两国在1995年撤销经济合作条约；1999年，金大中成为首位访问蒙古国的韩国总统后，北朝鲜关闭了其驻乌兰巴托大使馆。但是接下来蒙古国开始试图挽回局面。2002年，白南淳成为自1988年以来首位访问蒙古国的北朝鲜外交部长。2007年，北朝鲜驻蒙古国大使馆复馆。
2013年，蒙古国总统查希亚·额勒贝格道尔吉访问北朝鲜，并表示两个国家将扩大经济上，尤其石油精炼方面的合作。
同韩国关系
冷战时期，韩国与蒙古国分属以美国为首的资本主义和以苏联为首的社会主义阵营，双方关系敌对。1988年，卢泰愚就任韩国总统后，韩国开始推行与社会主义国家发展关系的“北方政策”。同年，蒙古派团参加韩国主办的第二十四届夏季奥林匹克运动会，并在摔跤比赛中获得了铜牌。双方文化交流升温。1980年末，只与苏联和中国接壤的内陆国蒙古开始推行“第三邻国”外交政策，寻求通过加强与苏联、中国以外的“第三邻国”发展关系来保障其国家安全，经济发展。在此背景下，韩蒙两国于1990年3月26日正式建立外交关系。
1991年10月，时任蒙古国总统奥其尔巴特出访韩国，与时任韩国总统卢泰愚实现两国首脑首次会晤。1999年5月，时任韩国总统金大中访蒙期间，两国确立“21世纪互补性合作关系”。2006年5月，时任韩国总统卢武铉访蒙期间，两国关系提升为“睦邻友好合作伙伴关系”。2011年8月，李明博访蒙期间，两国关系提升为“全面伙伴关系”。2021年9月，新冠病毒世界大流行期间，韩国总统文在寅与蒙古国总统呼日勒苏赫在视频首脑会晤中将两国关系进一步提升为“战略伙伴关系”。
同越南关系
蒙越关系在元朝时期曾从属于中越关系的一部分。1254年，蒙古攻灭大理国（今中国云南），并计划攻灭位于东南的大越（越南陈朝），从而对南宋形成包围之势。?1257年12月12日（阴历），蒙古军将领兀良哈台从云南率领三万大军入侵大越国的平厉原（Bình L? Nguyên）地区。陈太宗亲行督战。在陈朝将领陈守度、陈兴道等的指挥下，蒙古军队大败，被迫撤离越南。
战事结束，越南陈朝愿意向蒙古入贡。经过一番商讨，1258年，黎辅陈与周博览奉使到蒙古帝国，与蒙古帝国政府订下协议，规定越南每三年向蒙古(元朝)进贡一次，并定为常例。
但在1279年，元朝攻灭宋朝统一中国大陆之后，忽必烈决心占领陈朝。1282年阴历八月，元朝右丞相唆都领兵五十万，以征讨占城为借口，预备侵越，但亦于1285年被越军击败。1286年阴历二、三月间，元世祖敕令尚书省奥鲁赤、平章事乌马儿、大将张文虎调兵五十万，下令湖广制造战船三百艘，打算八月会师于钦州、廉州，并命令江浙、湖广、江西三行省的军队南侵越南，打算送陈益稷回越南，并立他为“安南国王”。第三次元越战争爆发。但元军最终亦被越军击败并被迫撤离。
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