1806年11月，托马斯·杰斐逊颁布逮捕前副总统阿伦·伯尔的公告。
1807年1月，托马斯·杰斐逊再次当选为美国哲学学会zhuxi。3月，签署禁止贩卖奴隶的法案。7月，颁布反对英国战舰的公告。12月，签署《禁运法》。
创建大学
1809年，蒙蒂塞洛庄园建成。 同年3月，托马斯·杰斐逊隐退，3月15日回到蒙蒂塞洛。
1811年1月，托马斯·杰斐逊为美国农业协会起草工作计划。
1814年，托马斯·杰斐逊把私人藏书7000册作价卖给美国国家图书馆。
1815年1月，托马斯·杰斐逊提出弗吉尼亚大学纲要。
1819年1月，弗吉尼亚议会通过创办弗吉尼亚大学决议。3月，托马斯·杰斐逊当选为弗吉尼亚大学校长，他亲自设计了第一批校舍，并派人去欧洲延聘教授，设法筹措经费。
1824年5月，弗吉尼亚大学建成开学。
1826年3月，托马斯·杰斐逊立下遗嘱。6月24日，谢绝了参加7月4日国庆的邀请。7月4日，托马斯·杰斐逊于蒙蒂塞洛去世，享年83岁。
为政举措：
政治
反对总统连任
托马斯·杰斐逊担心总统权力过大会危及三权制衡，他担心总统连任会使民主共和制名存实亡，总统"一旦上了台，掌拥了联邦军权，没有议会的制约，很难把他撵下台，哪怕你能说服人民不投他的票。我但愿总统四年任期满后永远无资格第二次连任。"因此，他反对总统连任，后来做出让步，同意可连选连任，但只能连任一次。1808年他在自己连任总统两届后主动辞退，继华盛顿之后又一个任总统不超过两届的范例。1951年通过的美国宪法第22条修正案使杰斐逊的设想变成现实。
起诉前副总统
副总统伯尔叛国案
美国前副总统阿伦·伯尔野心勃勃，很早就已经有了一个西进计划，企图占领得克萨斯、新墨西哥及西班牙在南美洲的领地，阴谋败露，1806年11月，托马斯·杰斐逊颁布逮捕阿伦·伯尔的公告。1807年，杰斐逊政府以叛国罪起诉伯尔。虽然伯尔被指控叛国，但杰斐逊政府始终没有找到足够的证据。伯尔要求杰斐逊总统出庭，递交一些相关的军事文件。让总统出庭作证，在美国历史上这是第一次。于是，主审的联邦法官约翰·马歇尔给杰斐逊下了传票。马歇尔认为，"在法律的眼中，总统和其他任何美国公民没有差别"。杰斐逊不予理睬。最终，马歇尔指出政府对伯尔的起诉不够磊落，并没有足够的证人证明伯尔曾经出现在策划阴谋叛乱的现场，伯尔被无罪释放。
探索西部
刘易斯与克拉克远征
1803年，美国从法国手中购买了路易斯安那，在加拿大的英国人和还占据着德克萨斯和西南部地区的西班牙人仍在觊觎路易斯安那，而生活在东海岸地区的人们对中西部的地理、环境、水路河道的认识也很有限。因此，为了评估新疆域土地开发的商业价值、区域内动植物的数量种类、道路交通、居民分布等，找到通往太平洋的西北河流通道，杰斐逊总统派遣美军上尉梅里韦瑟·刘易斯和青年军官威廉·克拉克率领探险队向西部探索。这是美国政府组织的19世纪规模最大、时间最长的首次进入北美西部的探索和考察，长达两年零四个月，来回覆盖从密苏里河至哥伦比亚河的7689英里。探险队搜集了美国西部天文、地理的大量一手资料，绘制了西部河流、山脉的地形图;调查了西部太平洋沿岸的印第安部落情况，与沿途的印第安人部落建立起一定的联系，为美国的西进运动做了准备。
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