气候特征
印尼地处热带，全年气候温暖湿润，平均气温为25-27摄氏度，湿度为70-90%。印度尼西亚有两个季节，对于印度尼西亚的大部分地区而言，通常每年4月至10月为旱季，11月至次年3月为雨季，没有夏季或冬季的极端情况。
水系分布
印尼河流众多，水量丰沛，但都比较小。较大的河流有爪哇岛的梭罗河以及加里曼丹岛的巴里托河、卡普阿斯河、马哈坎河，其中梭罗河全长560公里。较大的湖泊有多巴湖、马宁焦湖、车卡拉湖、坦佩湖、托武帝湖、帕尼艾湖等，其中苏门答腊的多巴湖为印尼第一大湖。
生态
印度尼西亚地处热带，加上面积、群岛地形因素，而得以支持世界第二高的生物多样性，仅次于巴西，动植物混和了亚洲及澳大拉西亚品种。巽他陆棚上的岛屿（苏门答腊、爪哇、婆罗洲和巴厘岛）曾与亚洲大陆相连，而有许多亚洲动物相，如虎、犀牛、猩猩、亚洲象及豹等，曾大量栖息于东至巴厘岛的区域，但现今数量及栖息地已大幅减少。森林覆盖率约60％。在苏门答腊及加里曼丹以亚洲物种占优势；爪哇岛面积较小且人口密度高，大多数森林因人类居住及农业开垦而被砍伐。苏拉威西、努沙登加拉、马鲁古等地长期与大陆分离，演化出特殊的动植物物种；巴布亚的特有种与澳大利亚较为相近。
印度尼西亚的特有种数量仅次于澳大利亚，栖息于印度尼西亚的1,531种鸟类及515种哺乳类特有种中分别占36％及39％。印度尼西亚海岸线长约54,716公里，存在海洋及海岸多种生态系，如沙滩、沙丘、河口湾、红树林、珊瑚礁、海草、泥滩及潮间带等生态系。印度尼西亚东部位于珊瑚大三角（Coral Triangle）的范围内，该区域约有1,650种珊瑚鱼。英国自然学家阿尔弗雷德·华莱士提出分隔亚洲及澳大利亚物种间的隐形界线，即华莱士线，该界线大致沿着巽他陆棚边缘，于加里曼丹及苏拉威西间，于小巽他群岛位于巴厘岛及龙目岛间的龙目海峡，该线以西为亚洲生物相，以东为澳大利亚生物相。在《马来群岛》一书中，华莱士即描述这区域物种相当丰富。该线以东至新几内亚一带即称之为华勒斯生态区（Wallacea）。
环境问题
印度尼西亚大量人口及快速工业化造成严重的环境问题，由于政府贫困且依赖资源开发，因而环境问题不受重视。相关问题包括大规模森林开伐（大多数为非法）、森林大火引发遍及西印度尼西亚、马来西亚、新加坡的霾害、过度捕捞海洋资源等；快速都市化及经济发展造成空气污染、交通堵塞、水资源、垃圾及废水处理等问题。森林砍伐及泥炭地破坏使印度尼西亚成为世界温室气体排放第三大国。栖息地破坏威胁到原生及特有种生物生存，包括国际自然保护联盟认定的140种哺乳类动物，15种极危物种受到威胁，包括长冠八哥、苏门达腊猩猩、爪哇犀牛等。种植棕榈为森林开伐的主因，约有1800万公顷的土地由森林改种种棕榈，种植棕榈需重新分配土地并改变当地自然生态，但正确经营能为地方带来财富，不过错误的经营将破坏生态且造成社会冲突。
自然资源
印尼的石油、天然气和锡的储量在世界上占有重要地位。根据印尼能源矿产部的统计（2013年），印尼煤炭资源储量约为580亿吨，已探明储量193亿吨，其中54亿吨为商业可开采储量。由于还有很多地区尚未探明储量，印尼政府估计煤炭资源总储量将达900亿吨以上。印尼拥有巨大的天然气储量，约有123 589 兆亿立方米 (相当于206 亿桶石油），其中己探明的为24 230兆亿立方米，主产于苏门答腊的阿伦和东加里曼丹的巴达克等地。印尼镍储量约为560多万吨，居世界前列。金刚石储量约为150万克拉，居亚洲前列。此外，铀、镇、铜、铭、铝矶土、锺等储量也很丰富。
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