在古老存在的协助下，宇宙的修复工作进展顺利。林羽、灵儿和战士们在各个星系间奔波，见证着生命与文明的复苏。
然而，新的问题悄然浮现。宇宙在经历了这场巨大危机后，原本相互隔绝的一些神秘空间开始与主宇宙融合。这些神秘空间中蕴含着未知的能量和奇特的物质，它们的出现给宇宙带来了新的变数。
林羽和灵儿带领团队前往一个正在与主宇宙融合的神秘空间进行调查。刚一接近，飞船的仪器就开始出现异常，各种数据疯狂跳动。他们小心翼翼地进入其中，发现这里的物理规则与主宇宙大相径庭。
这里的光线是扭曲的，时间的流逝也变得难以捉摸。一些类似水晶的物体在空中漂浮，它们内部似乎有生命在流动。突然，这些水晶物体发动了攻击，它们释放出的能量射线能改变周围空间的性质，使得林羽等人难以躲避。
灵儿尝试用心灵之力与这些水晶物体沟通，却发现它们的思维模式完全超出了理解范围。林羽则努力调整飞船的能量防护，以应对不断变化的攻击。战士们在混乱中寻找反击的机会，他们使用特殊的能量武器，试图打破水晶物体的攻击节奏。
在激烈的战斗中，他们逐渐发现这些水晶物体的攻击是围绕着空间中的某些节点展开的。林羽推测，这些节点可能是控制这个神秘空间与主宇宙融合的关键。如果能控制这些节点，或许可以阻止可能出现的新危机。
于是，他们兵分两路。林羽和一部分战士负责吸引水晶物体的注意力，灵儿则带领其余战士朝着节点的方向前进。在接近节点的过程中，灵儿遭遇了新的阻碍，一些由能量和物质混合而成的迷雾阻挡了他们的去路，迷雾中隐藏着强大的能量波动，稍有不慎就会被吞噬。
灵儿集中精神，利用心灵之力探寻迷雾中的安全通道。在她的带领下，战士们艰难地穿越迷雾，终于到达了节点所在的区域。这里的能量更加狂暴，节点像是宇宙风暴的中心，闪耀着耀眼的光芒。
灵儿和战士们开始尝试控制节点，他们运用所学的能量知识和技术，与节点的能量进行对抗。而林羽那边，在长时间的战斗后，也逐渐找到了水晶物体的弱点，开始对它们进行反击。
整个神秘空间都陷入了激烈的能量碰撞之中，林羽和灵儿能否成功控制节点、阻止新危机，宇宙的命运再次悬于一线。林羽这边成功找到了水晶物体的弱点，他操控能量核心释放出一种特殊频率的脉冲波，这种脉冲波能干扰水晶物体的能量结构。在脉冲波的攻击下，水晶物体的攻击开始变得无序，战士们抓住机会，一举摧毁了大部分水晶物体。
而灵儿那边，他们在节点周围构建起一个临时的能量护盾，以抵御狂暴的能量冲击。灵儿将自己的心灵之力与节点相连，试图感知节点的运行机制。她发现这些节点就像是一把把钥匙，正在开启神秘空间与主宇宙融合的大门，如果不及时阻止，主宇宙的能量平衡将被彻底打破。
于是，灵儿指挥战士们将飞船上的能量模块取出，试图修改节点的能量频率，让它们停止融合进程。然而，节点的能量太过强大，每一次尝试都像是蚍蜉撼树，战士们的能量模块在接触节点的瞬间就被摧毁。
就在他们陷入困境时，林羽带着剩余的战士赶来。他观察了一下节点的情况，想到了一个办法。他将能量核心的力量分散到每个战士身上，然后让战士们同时将能量注入节点。在强大的能量冲击下，节点开始出现不稳定的迹象。
灵儿见状，再次施展心灵之力，引导节点的能量朝着有利于他们的方向变化。经过一番艰苦的努力，节点的能量频率终于被改变，神秘空间与主宇宙的融合进程停止了。