起初，在战争期间建立的两位兄弟和克利奥帕特拉二世（Cleopatra II）共同统治的局面继续维持。
然而，埃及军队在第六次叙利亚战争（Sixth Syrian War）中的彻底失败，使得托勒密王朝的声望严重受损，并导致托勒密六世和托勒密八世之间产生了永久的裂痕。
在公元前165年，一位名叫狄奥尼修斯·佩托萨拉皮斯（Dionysius Petosarapis）的显赫朝臣，他似乎具有埃及本土血统，试图利用兄弟之间的冲突以掌控政府。
他向亚历山大的民众宣称托勒密六世曾企图让他刺杀托勒密八世，并试图煽动一场支持他的暴动。
托勒密六世成功说服了托勒密八世相信这些指控不实，两位兄弟随后在体育场上公开现身，从而化解了这场危机。狄奥尼修斯逃离了城市，并成功说服了一些军事部队发动叛变。
接下来一年中，费尤姆（Fayyum）地区爆发了激烈的战斗。
此外，在底比斯（Thebaid）地区发生了另一场起义——这是为了推翻托勒密王朝并恢复埃及本土统治而发起的一系列反抗中的最新一次。
托勒密六世最终在帕诺波利斯（Panopolis）经过一场艰苦的围攻后成功镇压了这场起义。
在公元前164年晚期，可能是在托勒密六世从南方返回后不久，年约二十岁的托勒密八世以某种方式驱逐了托勒密六世和克利奥帕特拉二世，使他们失去了权力。
托勒密六世逃往罗马（Rome），随后又去了塞浦路斯（Cyprus）。
确切的事件进程尚不清楚，但据狄奥多罗斯·西库鲁斯（Diodorus Siculus）记载，这次驱逐的策划者是一名叫提莫修斯（Timotheus）的人，他随后成为主要的政府官员。
托勒密八世现在采用了“尤尔盖特斯”（Euergetēs，“恩人”）的称号，以纪念他的祖先托勒密三世（Ptolemy III）并与托勒密六世和克利奥帕特拉二世所使用的“菲洛米特”（Philomētōr，“慈母神”）称号相区别。
据说，托勒密八世表现得非常暴虐，他的手下提莫修斯通过酷刑和任意处决来铲除敌人。
在公元前163年夏，亚历山大的民众反抗托勒密八世并将他驱逐，重新召回了托勒密六世。
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在托勒密六世复权后，两位罗马使者说服他将昔兰尼加（Cyrenaica）的控制权交给托勒密八世。
托勒密八世随后前往昔兰尼（Cyrene），但他对此并不满足。
约在公元前163年末或162年初，他前往罗马请求支援。
元老院认为这种分配不公，宣称托勒密八世也应获得塞浦路斯（Cyprus）。
古代历史学家波利比乌斯（Polybius）认为，元老院作此决定的目的是有意削弱托勒密王朝的力量。
提图斯·曼利乌斯·托尔夸图斯（Titus Manlius Torquatus）和格奈乌斯·科尔内利乌斯·梅鲁拉（Gnaeus Cornelius Merula）被派遣作为使者，强迫托勒密六世做出让步。
离开罗马后，托勒密八世前往希腊，在那里招募士兵，准备发起夺取塞浦路斯的军事行动。
当他带领舰队驶向罗得岛（Rhodes）时，遇到了托尔夸图斯和梅鲁拉，他们说服他解散军队并返回昔兰尼。
他随后前往埃及与昔兰尼边境，在帕拉埃托尼翁（Paraetonium）以西的小镇上驻扎了一支由1000名克里特雇佣兵组成的部队，等待罗马与托勒密六世的谈判结果。
托勒密八世在此等待了四十天，直到昔兰尼的代理总督塞姆佩西斯（Ptolemy Sempetesis）突然发起叛乱。
托勒密八世率军镇压叛乱，但在战斗中遭遇失败。
不过到公元前162年末，他重新掌控了昔兰尼，但不清楚他是通过谈判还是军事手段实现的ria）时，托勒密六世成功拖延了他们的要求，直到听说叛乱消息后，他正式拒绝了他们的要求。
两位使者不得不返回罗马，未能达成目标。
在公元前162至161年冬季，罗马元老院对此回应，与托勒密六世断绝关系，允许托勒密八世使用武力夺取塞浦路斯，但未提供任何实际支持。
托勒密八世于公元前161年发起了进攻塞浦路斯的军事行动 。
这次行动持续了近一年，但由于塞浦路斯人民的强烈抵抗，公元前156年或155年，托勒密八世遭遇了一次未遂暗杀。