公元前205年，西庇阿在热烈的支持下被全体一致选为执政官。
此时他31岁！
依然在技术上被认为是过于年轻，不能担任执政官。
当他就职时，他要求元老院将非洲省分配给他，并威胁如果拒绝将把此事提交公民大会。
尽管元老院首席元老昆图斯·法比乌斯·马克西穆斯·维鲁库苏斯（Quintus Fabius Maximus Verrucosus）强烈反对，元老院最终屈服于他的压力，允许他接管西西里，并允许他如愿以偿地进入非洲。
法比乌斯的反对可能与对西庇阿人气的嫉妒有关，但也可能受到公元前255年在第一次布匿战争期间，由马库斯·阿提利乌斯·雷古卢斯（Marcus Atilius Regulus）指挥的失败非洲战役的影响，该战役使迦太基的战争努力得以重启。
尽管如此，元老院并未给西庇阿额外的士兵，这使他不得不招募志愿军。
李维（Livy）报告说，他从在意大利的客户和支持者那里集结了大约30艘战舰和7000名士兵。
他在西西里的执政期间大部分时间都在为入侵非洲准备军队。
今年，他占领了意大利脚部的洛克里（Locri），并留下一名普莱米纽斯（Pleminius）负责指挥。
在普莱米纽斯接管后，他掠夺了城市的神庙，还折磨并杀害了两名军事看守。
由于这些罪行，元老院将普莱米纽斯逮捕。
西庇阿也受到牵连，但在次年洗清了嫌疑。
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他的执政权在公元前205年延续到这一年，他与部队跨入非洲，围攻乌提卡（Utica），然后在冬季假装与迦太基人进行谈判。
在这些假装的谈判中，西庇阿绘制了敌方营地的地图，并发动了一次成功的夜袭，摧毁了敌营，杀死了大量敌军。
随后，军队在新年的早些时候进行了“大平原战役”（Battle of the Great Plains），他的执政权在战争结束前被延续。
在捕获努米底亚的西法克斯（Syphax）后，西庇阿恢复了马西尼萨（Massinissa）对王国的统治。
迦太基人对这次失败的反应是召唤汉尼拔和马戈从意大利返回，并向西庇阿的舰队发起进攻，以切断他们的补给线。
西庇阿被迫在乌提卡附近进行海战，但成功避免了灾难，仅损失了约六十艘运输船。
随后进行了另一轮和平谈判，迦太基人最终同意放弃在地中海及其他地区的所有领土要求，限制在非洲的扩张权利，承认马西尼萨的王国，放弃除二十艘以外的所有战舰，并支付战争赔偿。
然而，在谈判期间，迦太基人因饥饿袭击了一支罗马粮食车队，导致抗议和使节的交换。
在进一步试图将他从指挥位置上移除的过程中——公元前203年的一位执政官格涅乌斯·塞尔维利乌斯·凯皮奥（Gnaeus Servilius Caepio）试图取代西庇阿，以声称自己为对迦太基的最后一击立功。
公元前202年的执政官们出于同样的原因渴望获得非洲指挥权——西庇阿在公元前202年的与汉尼拔的谈判中拒绝了和平条款。
在马西尼萨的努米底亚骑兵的支持下，随后进行了扎马战役（Battle of Zama），罗马军队获胜，迦太基再次请求和平。
在新的一年，公元前201年，西庇阿留在非洲以完成谈判，谈判结果是迦太基的领土维持在战前状态，迦太基需要将所有被掳物资和人质归还给罗马，除了十艘三桅战舰外，所有迦太基舰艇需解除武装，并且迦太基在进行任何战争前需要请求罗马的许可。