以朱由检的意见为主，最后拿出来的方案，是成立一个直属皇帝的大都督府，协助皇帝指挥和管理全国的所有军队。
其实，大都督府在明朝开国的时候，被朱元璋短暂使用过一段时间，用来协助朱元璋管理全国所有军队，但后来被五军都督府代替。
但是，到了朱由检这里，明显不可能再分什么前军、后军、左军、右军、中军，也就不可能称呼五军都督府了。
而且，朱由检的这个大都督府，功能也比五军都督府齐全多了，跟朱元璋的那个大都督府也大不一样，只是借用了这样的一个名字而已。
朱由检的大都督府成立后，由史可法出任第一任大都督，授衔中将，协助皇帝处理日常军务。
史可法之下，还设立副都督若干名，相当于后世的军管会副职和成员，但他们管的事不会太多。大都督和副都督之间没有上下级关系，全部归皇帝直管。
这些副都督，没有定员，也没有职权划分，相当于一种闲职。
古代历史上，很多名将在平时是没有具体管事的，都赋闲在家。只有当发生大的战争，需要他们为国效力的时候，皇帝一纸诏书，将他们召唤上朝。
然后，皇帝任命他们为某一方面军统帅，率领若干支军队组成的一支大军，与敌人作战。战争结束后，向皇帝交卸统帅的职务，领取奖赏若干，然后继续赋闲在家，等待下一次召唤。
如此，这些统帅，平时跟下面的将士没有接触，只有战时的统兵作战，就谈不上拥兵作乱了。
这是古代皇帝对付一些将领拥兵自重的办法，朱由检觉得好，就将之抄袭了过来。
但是，现在明军的军队编制、武器装备、战略战术，都跟以前有很大的差别。那些统帅之才赋闲在家，战时再召唤过来用，可能就不是那么胜任了。
因此，朱由检需要让他们像上班一样，长时间研究大明军队的编制、武器、战略战术，并到军队当中去实地查看当前明军的训练、作战方法。如此，当他们真的统帅大军上战场的时候，才不会出错。这些副都督的职位，就是为这种人设立的。
身在大都督府，可以每天接触大量的军事机密，了解明军的情况，熟悉明军部队，还能互相讨论战略战术，这将为他们将来统兵作战提供便利。
到时候发生大规模的战争，需要几个军，甚至几个防区联合作战的时候，就要任命一个方面军统帅了。这个统帅，就将由皇帝任命，从这些大都督府的副都督中进行挑选。
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