朝会结束，兵部、吏部、工部、禁卫军、锦衣卫、司礼监，这几个杨毅最看重的部门，主官要么是他的手下，要么就是忠君爱国之人，总之不会跟他这个皇帝对着干就是了。
到南京不过三天时间，就成功的控制了这几个权重部门，杨毅对自己当皇帝的第一次表现感到很满意。虽然还有些不尽如人意的地方，但不影响大局，以后慢慢再做调整吧。
接下来的几天时间，南京朝廷忙于恢复各部署的真正职能，要撤换许多中下级官员，整个南京官场一片忙碌。而杨毅则和王承恩一起，对锦衣卫进行改革。
这个改革是杨毅提出来的，主旨是为了避免南京锦衣卫继续发展成为那个令天下所有人都憎恨厌恶的特务机构。
杨毅提出要求，现在的锦衣卫，职权要比北京锦衣卫减少很多。现在的锦衣卫只负责皇帝仪仗和皇宫警卫，并适当参与涉及后宫和皇室成员的谋逆、叛国之大案要案。普通文武百官的案件，锦衣卫不得再插手。所有驻外锦衣卫卫所更是全部撤销，回归南京。
如此强力削减锦衣卫的职责，王承恩本是不同意的。他认为锦衣卫职权的降低，会减弱皇帝对朝廷官员的掌控，降低皇帝的威望，对杨毅初到南京的执政有危害。
杨毅以后世的角度解释了锦衣卫权责过大对国家的危害，并说明皇帝的威望是靠富国强民来实现，而不是靠特务来实现的。本着富国强军、北伐中原的宗旨，王承恩被杨毅说服后，同意了杨毅对锦衣卫的编制和职权的重新定义。
按杨毅的指示，新的南京锦衣卫基础编制为1000人，从江南数千锦衣卫中择优挑选，军官另行任命。
新的锦衣卫，排除关系户，所有人进行公平的比武，选出2000名优胜者。再由杨毅出题考察这2000名优胜者的文化、思维、背景、忠诚度，最后择优录取1500名。有精通多国语言等特殊才能的，可额外破格录取。
淘汰掉的锦衣卫，再进入南京禁卫军选拔流程。如果不是真的那种不可救药的纨绔子弟关系户，那以锦衣卫士兵的战斗力，入选南京禁卫军基本不成问题。
最后选拔出来的1500名优胜者，以及新任命的各级军官，则在王承恩的组织下，一起听皇上亲自授课。
杨毅从IE上查询了许多现代特种部队、顶级保镖的资料，重新定义了南京锦衣卫的作用、训练方法、巡逻制度等，给这支直属于他的亲兵部队灌输许多这个时代没有的新观念。
在接下来的一年时间里，这1500名优胜者将接受杨毅安排的魔鬼训练。
每天负重20公斤5公里越野跑、俯卧撑500个、蛙跳1000米，还要练习射箭1000次，投掷标枪200次等。而且每个项目都有时间限制，超过时间未完成的还要受惩罚。
除了这些外，他们还要接受侦查、反侦查，刑讯、反刑讯，徒手格斗、夜间战斗、野外生存等训练。完了还要被杨毅派出去执行真正的实战任务，进行实战考验。
一年之后，这1500人中，将有500名成绩最差的士兵被淘汰，留下来的，才是真正最精锐的锦衣卫精英。