四品以下官员和民间代表离开后，殿中留下的40多名三品以上官员才是目前南京朝廷真正的大员。其中有司礼监提督兼锦衣卫指挥使王承恩、南京兵部尚书兼五军都督府总督史可法、礼部尚书钱谦益、应天府尹凌义渠、凤阳总督马士英、泸州总兵黄得功、武昌宁南伯左良玉等，全是目前明朝尚存的中坚力量。
其中有些人，杨毅通过查询IE资料得知，他们在原来的历史上不久就会投降清朝，当了汉奸；而有些人，则一直跟随南明朝廷抵抗清朝到战死为止。但是，现在杨毅自己都立足未稳，还不能大动干戈，去动那些未来会投降满清的官员。
而且，这些后来投降满清的人，其中大多数其实是墙头草，并不是说将来就一定会投降清朝的那种。现在崇祯未死，而且平安抵达南京，这些人中的绝大部分，应该都不会轻易向敌人投降，除非崇祯帝完全抵抗不住清朝的进攻。
因此，杨毅不想用还未发生的事来定这些人的罪，只是自己暗中加以提防罢了。
这些大臣在历史上的所作所为，杨毅都心中有数。哪些是经过历史证明的忠臣、汉奸，哪些是能臣、庸才，杨毅都可以通过万能的IE查个一清二楚。再结合韩赞周的那份情报，江南文武百官大多数人的情况都已经被杨毅掌握清楚了。他会在掌握住南京朝廷后，再慢慢的提拔能臣、忠臣，打压汉奸、庸才，现在却不适合搞得满城风雨。
四品以下官员都离开后，史可法第一个站出来上奏道：“启奏陛下，以前南京皇宫未有皇族居住，未设亲军都尉府。现在南京成为临时首都，陛下的行在，臣认为当尽快设立亲军都尉府，以护卫南京城以及皇宫安全。”
杨毅点了点头，道：“皇宫安全就由王承恩统领的锦衣卫负责，南京城则从现有南京及各地军队挑选精兵强将，组成禁卫军，负责南京城及应天府内所有军务。原有的南京城卫军挑选禁卫军后剩下的官兵，向江北四镇调拨，加强江北防御。此事由史可法、王承恩共同负责，人数暂定为两万，直接向朕负责。”
“遵旨！”史可法和王承恩应了一声。
然后，年近八十，大概是在场官员中岁数最大的南京吏部尚书李良志颤颤巍巍地站了出来，上奏道：“启奏陛下，微臣年岁已大，耳不聪、目不明，以往南京吏部无事可做，还可安心养老。现南京成为临时首都，吏部肩负考察、遴选、升调江南文官之重责，臣无力胜任，特此请辞！”
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