“林枫，你的伙伴们在等你。”
束清凛话音落下，一道传送门出现在他身边，顿时将林枫吸了进去。
林枫在进入秘境后，正准备摸清周围的状况，一只体型娇小的绿色宝可梦撞进他的怀里。
“你是时拉比？”
林枫看着面前这只对他异常亲昵的宝可梦，感到异常惊讶。
在看到林枫的困惑后，时拉比小手点在林枫额头上，一个个记忆片段涌入了他的脑海。
林枫顿时了解了关于他穿越的各种事情的始末。
当年在他和死党陈飞歼灭闪焰队过程中，弗拉达利为了拖延时间，向他们告知了世界即将崩坏的真相以及闪焰队的美好蓝图，并趁两人惊讶之际，暗中偷袭。
但陈飞及时察觉到弗拉达利的意图，用身体挡下了这致命一击。
最后，原本应该死去的林枫活了下来，而陈飞却因为保护林枫身死，并穿越到了蓝星，意外绑定了这个世界的阿尔宙斯在沉眠前，耗尽最后力量为林枫准备的天选者系统。
但随系统一起赋予的魂之力（形似波导之力）和体之力（形似自然之力）却因宿主不匹配一直处于封印状态。
陈飞来到这里发现，这个世界对宝可梦的认知还很浅薄，相关科技也并不发达。
他凭借着系统的帮助以及前世的记忆，在这个世界迅速成长，并凭借着强大的实力和突出的贡献，最终成为了华国首任冠军焱，并被系统赋予了数百年的寿命，期待他能够更好的发展这个世界。
但前一世弗拉达利的话语始终在他耳边萦绕，加上在这一世中，在见识了太多的人类黑暗面后，更进一步引发了他对救世的思考。
他渐渐发觉，即便是成为世界的最强者，创出各种超越时代的科技树，也无法根除人们心中的贪嗔痴，阻止世界的崩坏。
最后，面对两个世界同时崩坏的局面，他最后选择牺牲刚刚发展的蓝星，去拯救人口更多的宝可梦世界。
他先是强行打通两个世界的通道，将宝可梦世界的崩坏因子引入蓝星，造成野生宝可梦的狂暴。
为了避免自己长生不老的身份引起怀疑，也为了排除异己，他故意引起兽潮围攻燕京，不仅消灭了那些阻碍自己计划的高阶训练家，也让华国冠军焱下线，之后以第二任冠军流云和第三任冠军麒麟、圣廷神使的身份再次出场。
在强行消耗掉系统的全部能量后，他将在宝可梦世界沉睡的神兽全部传送至蓝星，但在系统的反抗下，林枫和他的宝可梦们也被传送到了这个世界。
可惜在传送的关键时刻，系统的小动作被陈飞察觉，导致林枫和宝可梦们不得不被分散，宝可梦被分别传送至不同的时间线，而林枫则来到了一个没有宝可梦的世界。
之后，十五年过去，系统寻到林枫的痕迹，在将林枫传送回蓝星并赋予魂之力后，彻底进入了休眠状态，另一边，在时拉比的帮助下，众宝可梦逐渐团聚。
紧接着，时拉比和青龙达成合作，在燕京搭建时空间秘境，培养华国新生力量的同时，逐渐等待林枫的到来。
了解了事情的始末后，林枫在秘境中渐渐度过了十年光景，几只宝可梦都先后拥有了大师级后期的实力，他也开始融合体内的魂之力和体之力。
在林枫失踪后不久，神使以卯兔为质，从青龙手中换到了靛蓝色宝珠和朱红色宝珠，并从华国布置的重重陷阱中成功逃离。
青龙、白虎、玄武三人得知丑牛身死，为了击杀神使、拿回宝珠，三人追逐神使长达一个月之久，之后神使被再次出现的“麒麟”现场击毙。
伪装成麒麟的陈飞将神使身上的宝珠交还给青龙，并编造故事骗取了青龙三人的信任，一同返回联盟。
麒麟凭借着大师级后期的实力，镇压了华国境内以及四周边境的野生宝可梦，一时间，他在华国的威望达到顶峰。
同时，在麒麟的指挥下，联盟的高阶训练家找齐了最后剩余的几块石板，并在麒麟的带领下，先后到访各国。
麒麟以分享突破大师级的秘密、镇压野生宝可梦、合力解决神兽危机为诺，换取了各国的石板，至此，十八块石板全部掌握在麒麟手中。
另一边，林枫成功完成了能量融合，并获取了这个世界阿尔宙斯留下的最后一份礼物——传说石板。
在林枫新能力和石板的增幅下，他的宝可梦都可以短时间内突破大师级的限制，并压制神兽的神之力。
现世，青龙渐渐发觉到麒麟的异样，但麒麟已经得到了十八块石板以及两枚宝珠，他直接在燕京打开了究极之洞，唤出奈克洛兹玛，然后趁乱离开华国，先后前往各地去解除神兽们的封印。
虽然青龙、玄武灯四人已经突破到大师级，但仍然不是奈克洛兹玛的对手，当林枫从秘境中回归时，华国已经陷入一片火海。
林枫展露出传说石板，直接出手镇压了奈克洛兹玛，可不等他们松口气，全世界各地都同时爆发了神兽之乱。