之后贝利亚轻易的击破泰罗等人的防线，重回光之国，以一人之力打败所有奥特战士，成功夺走等离子火花塔的能量核并到怪兽墓场去。
失去了能量核的奥特之星瞬间冻结，成功逃离的就只有梦比优斯、奥特曼和赛文。
此时，盘龙号在邓特星遭遇怪兽扎拉嘎斯的袭击。雷召唤哥莫拉将怪兽消灭后，梦比优斯把雷带走，并向他求救。两人与奥特曼、赛文会合后，一同前往怪兽墓场。
其后，盘龙号再次遭受怪兽袭击，而此次被戴拿出手相救。在杰顿星人口中得知奥特之星的灾难后，盘龙号也第一时间飞往怪兽墓场。
另一方面，在K76行星接受雷欧兄弟特训的赛文之子·赛罗在知道奥特之星的危机后，也立即赶往怪兽墓场。
在怪兽墓场，赛罗先团灭怪兽与宇宙人军团，后击败贝利亚奥特曼。
然而，贝利亚借助100头怪兽的力量，将全部的怪兽合体，变成了贝流多拉。
和贝利亚奥特曼一样是雷奥尼克斯的雷蒙操控着终极战斗仪使怪兽们开始反抗的时候，获取了能量核的能量，通过梦比优斯、戴拿、雷欧兄弟、奥特曼等人的联手攻击，击败了贝流多拉。
M78星云恢复安定后，赛罗与赛文父子相认。
黑色护甲装置
赛罗正在与雷欧特训，黑色护甲装置登场，一击秒杀怪兽吉欧鲁贡(吉奥尔刚)后，赛罗与黑色护甲装置大战，黑色护甲装置以强大的实力压制赛罗奥特曼，雷欧及时过来救场，黑色护甲装置看到雷欧奥特曼来后便飞走了。
黑暗洛普斯赛罗
ZAP SPACY收到了求救信号，雷与日向迅速驾驶盘龙号前往，但却被吸进了扭曲空间。
在扭曲空间的行星切尼上，雷他们遇见了来自其他次元宇宙的自己，并且出现了机械哥莫拉。
原来在这个星球上，萨洛梅星人海洛蒂亚正在进行秘密试验，令所有次元的联系都集结在一起。
雷召唤的哥莫拉战斗，但不敌机械哥莫拉，危急之际，赛罗奥特曼及时出现。在这个时候，萨洛梅星人海洛蒂亚启动了黑暗洛普斯。
赛罗对战黑暗洛普斯赛罗首战失利，被打入次元裂缝中，赛罗双重剑也被打飞。
雷欧在宇宙巡逻时发现赛罗的赛罗双重剑，知道赛罗遇到了危险，立刻赶往次元裂缝协助赛罗，与赛罗联手打败了机械奥特兄弟。
随后，赛罗奥特曼冲破阻隔，赶回扭曲空间，同已经不受海洛蒂亚控制了的黑暗洛普斯展开殊死搏斗，雷和异次元的另一个雷合力召唤哥莫拉对抗机械哥莫拉。
最后，赛罗打败了黑暗洛普斯，取得了胜利。经过一场幻影大爆炸后，扭曲的空间恢复正常了。
贝利亚银河帝国
M78星云光之国遭到神秘敌人的突然袭击，赛罗与父亲奥特赛文合力，成功突围并消灭了敌人。
赛罗只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲赐予他的备用能源—奥特赛罗手镯，独自向着未知的宇宙空间进发。
在旅途中，赛罗感受到有声音在呼唤他，到达了一个未知的星球。
在拯救遭遇巨型机器人兵团蹂躏的行星上的人们时，他和身负重伤、奄奄一息的青年“岚”以及他的弟弟“小治”相遇。
赛罗被岚的勇气所感动，与他合为一体，以岚作为人类形态，拯救了岚的生命。
之后，通过詹伯德与艾丝美拉达星的公主艾美拉娜见面，赛罗知晓了敌人的真正身份操控谜一般的敌方军团的幕后黑手，竟是贝利亚银河帝国皇帝—凯撒贝利亚。
贝利亚奥特曼不仅未死，而且进化成了更加强大的形态凯撒贝利亚。他
建立起强大的贝利亚银河帝国，展开了称霸宇宙的野心。
与岚一心同体的赛罗奥特曼，为了粉碎恺撒贝利亚的野心，和小治、艾美拉娜公主一同乘坐宇宙飞船——皇家宇宙船，穿梭于浩瀚的宇宙之中。向巨大的贝利亚银河帝国发起挑战。
赛罗和凯撒贝利亚战斗，处于下风，而且凯撒贝利亚吸收了艾美拉尔矿石的能量变成了电弧贝利亚，赛罗和镜子骑士、红莲火焰、詹伯特合力也不敌电弧贝利亚，在危急时刻诺亚奥特曼出现救了濒死的赛罗并且给了他帕拉吉之盾。
在同伴们的支援下，赛罗最终击败了电弧贝利亚。在片尾，和炎之战士红莲火焰、镜之骑士镜子骑士、钢铁之武人詹伯特结成新的警备队—究极武装赛罗。
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为了阻止谜之敌人比特星的有机生命体抹杀计划，究极武装赛罗集结。与最强的机械机器人军团死斗的结果，强大的伙伴詹奈加入了究极武装赛罗的一员。
奥特曼传奇
赛罗奥特曼到达未来地球后，先后击落了三架为百特星人护航的战斗机，并被为了救小武而不惜生命的大河望感动，与大河望合为一体。
正当大河和武藏两人见面时，被突然出现的Team-U队长杏奈带去了地球防卫队，并被告知这个世界的现状。
好景不长，百特星人重新派出了古维拉和哥美斯S，这使变身后的武藏陷入了苦战。
最后，赛罗和高斯就要胜利之时，百特星人的圆盘突然出现，将两只怪兽消灭，这才得知，地球被百特星人选做了实验的场地。
第二天，百特星人再次现身，并放出了影像，众人才得知原来戴拿为了封印海帕杰顿使出了而耗尽了全部能量，变为了石像，而这时的海帕杰顿也已经破除了戴拿的封印而觉醒了。
正当大河懊悔之时，赛罗劝说大河，使得大河终于变身成为了赛罗奥特曼。U队的队员和小武找到闪光剑之后，将它交给了杏奈队长。
赛罗、高斯、戴拿三人联手打败杰顿幼体之后，才发现战斗并没有结束，后面即将面对的是更为棘手的对手：完全体海帕杰顿，于是三人很快被海帕杰顿打败。
大河爬起来，发现赛罗的帕拉吉手镯变成了石头，飞鸟走过来说：不要放弃，超越极限的时候，能看到新的东西！
武藏也鼓励他，三人站起大喊“真正的战斗，从现在开始！”驱动了帕拉吉手镯，进化为赛迦气息。三个奥特曼合体成“赛迦奥特曼”。
和地球防卫军击败了海帕杰顿，全人类都从海帕杰顿体内解放了，地球恢复了原本和平安定的日子。
之后，高斯回到了行星朱兰，戴拿也开始各个时空展开了新的旅程，大河选择留在这颗被三位传说的英雄们拯救的地球，亲眼见证它的未来，开始了新的生活。
赛罗也离开了大河，飞回了光之国。】
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