“小秋今天就是你返回的日子，你知道吗。”“我知道的梦馨姐。”“剩下的我也不多说了，万事小心，再加上现在又可以打卡了。”“我知道了梦馨姐。\"
随着一阵白光小秋回到了原来自己消散的那个位置，看着这里，小秋感觉有些硌得慌。便急忙离开了这里，不知道离开的这段日子剧情到哪里了 。
在小秋还没回来之前，而且姬矢准也消失了，这段时间里发生了许多事情，异生兽依然继续出现，这时一个蓝色的奈克赛斯站立于众人眼前。 战斗过后，孤门在附近一带搜查时，发现一个可疑的少年，于是便跟踪他。从伤势上，孤门可以肯定这少年便是适能者。孤门道明来意后，与少年千树怜成为了好友，并承诺会保守秘密。TLT亦对千树怜起了疑心，派出MP的野野宫瑞生跟踪怜。不过瑞生不但跟踪失败，还与怜成为了朋友，甚至开始爱上了他。在孤门和瑞生追查下，发现怜与一个名为“普罗米修斯之子计划”有关。在说明者的说明下得知这是一个优质因子婴儿的培育计划，怜是从美国逃出来的。
在终焉之地之战后失踪的沟吕木真也再次出现，但却失去了记忆。他更与一个父母被他间接杀害的小女孩为伴。后来沟吕木被TLT捉住，在囚室间他恢复了记忆，更得知自己只是黑幕的傀儡，沟吕木决定在死前与那女孩再见面，于是挟持瑞生离开。在同一时间，未知之手将黑暗梅菲斯特的力量与MP的三泽广之融合，诞生了黑暗梅菲斯特第二代，向众人袭来。
此时的众人正包围着逃跑的沟吕木，正当沟吕木束手就擒时，从他的后方被人开枪洞穿了 。西条凪他们看见开枪的人居然是“三泽先生。”
“呵呵。”三泽笑着走过来说道“沟吕木真也，你已经没用了，从现在开始，我来替代你，将这个世界涂满黑暗。”
在大家一脸震惊中，三泽掏出了变身器。一阵黑暗闪过“黑暗梅菲斯特。”
远处的千树怜感知到有敌人出现了，急忙奔跑着拿出了进化信赖者变身成了奈克瑟斯。
见黑暗梅菲斯特出现，孤门他们急忙撤离。“快来往这边撤退。”
可黑暗梅菲斯特2号却不会让他们如意，发射光弹炸向他们，孤门他们只能拼命的奔跑以此来躲避攻击。
在后面的西条凪对他们说道“你们先走。”“但是.......”“你一定要保护好她。快走吧。”
眼见黑暗梅菲斯特2号步步紧逼，孤门也只好答道“是，副队长你要小心啊。”说完带着人先走了。
见黑暗梅菲斯特2号离自己不远，西条凪举起手里的手枪，勇不畏惧的对准了他朝他射去。
被击中的黑暗梅菲斯特2号认为这是对他赤裸裸的挑衅，刚准备对西条凪发起攻击。被以光球化赶过来的奈克瑟斯一击撞飞。