今天本是高兴的一天。
和青梅竹马的毛利兰逛游乐园；和女朋友谈论了半天的福尔摩斯，当着女朋友的面找凶手小姐姐聊天握手看**；指出虽然是父亲好友但是把自己当老弟的毫无推理能力只想早点下班的目暮警官的错误；在游乐园一堆吃瓜群众的目光下作出帅气的推理，用“平成时代的福尔摩斯”称号秀翻全场……
这些本应该是非常快乐的事情，直到自己跟踪两个鬼鬼祟祟的男人钻进了小巷，其中一个黄毛给自己来了一棍，还喂了自己一颗奇奇怪怪的药，之后自己只觉得浑身燥热难耐。
那个黄毛给了自己刻骨铭心的一夜，然后自己就获得了需要用一生来治愈的伤痛。
这两个不知道来自哪个组织的小混混竟敢来挑战被称为警视厅救世主的日本高中生。总结一下情报，两个身穿黑色风衣头戴黑色毡帽没带口罩，为首的是金色长发男，旁边方块脸带着枪的是小弟；二人隶属的组织正在开发一种新药，但被黄毛当做可以检测不出死因的毒药，证明这个药之前并没有幸存者；他们两人来到小巷子里是为了用违法证据敲诈一亿日元，证明他们组织情报能力很强很可能有专门的情报人员，而且组织人员行事非常嚣张。
一顿分析下来，缩小的工藤新一认为自己目前情况还是安全的，可以潜伏下来调查清楚情报然后让老熟人目暮警部带着警视厅的手下把这两人的组织一锅端掉。
不过，那个人是什么身份，那个在云霄飞车入口前莫名其妙跟自己打招呼的，那个在自己迷糊的时候把自己扔进出租车的，自称名为上野六郎的男人。还有，他为什么让司机送人到工藤宅？不过应该没有恶意。
严重缺乏情报的缩小版工藤新一将今日两次遇到的奇怪男性的事情放在一边，指挥着司机在21番地工藤宅停车。下车之后通过推理阿笠博士晚饭地点、内容和描述隐私部位特征找到了第一个帮手，到自己家换下大码衣服并决定不通知父母自己调查，在寻找自己的青梅竹马的逼问下灵机一动想出了江户川柯南之名，然后被阿笠博士连推带送地让毛利兰带回了岳父家。
毛利侦探事务所门口，柯南跟在毛利小五郎身后爬上了车，到董事长家通过狗的叫声识破了千金谷晶子联合管家的假绑架计划，然后化身狗骑士寻找真绑架犯通话要赎金时被绑架的谷晶子透漏出的烟囱形状，寻找未果的柯南发动技能灵机一动找到了绑架犯所在的仓库，纵狗扑向歹徒转身解救人质，被毛利兰美救小屁孩、阻止绑架犯成为第二个琴爷。
在获得董事长大笔酬金后，毛利小五郎同意了柯南来事务所寄宿，嘴上说是幸运地给自己带来了半年不见的正式委托，实际怎么想的就不得而知。不过，不考虑密密麻麻的后颈的话，咸鱼的日子会因为好心的柯南老丈人代刷业绩有所改变。紧张刺激的柯学世界第一天以女朋友洗澡、哄睡作为终结。
……
此时，一道人影气喘吁吁地赶到毛利侦探事务所楼下，没等他想到怎么确认目标位置，又有两道身影依次赶到。
三道人影交错在一起，互相确认了一下，又各自找了个角落猫了起来。
就在刚刚的一两分钟，三巨头按照优先级定义了分身的行动准则：
第一原则，不能让原世界的其他人同时看到包含本体在内的两个或两个以上的分身，以防止出现系统不肯告诉本体的未知后果。
第二原则，听本体安排，完成本体安排的任务，拥有本体记忆的分身不应该也不应该能够背刺本体。
第三原则，在保证第一、第二原则的基础上，维护好自身安全，扮演好本体随便捏造但原世界认可的身份。
本体将这么重要的任务交给他们，是对他们的信任，是……为啥干活的事让他们干，本体就躺在那里睡觉？
第四原则，另加，留着操作空间。
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