天启四年六月一日，杨涟上弹劾魏忠贤二十四罪疏。
客氏与司礼监太监王体乾于熹宗旁进谗言，为魏忠贤开脱。
熹宗下诏，留魏忠贤之职，始疏远杨涟。致东林党人屡遭魏忠贤迫害。
在魏忠贤谗言下，熹宗贬斥东林党之赵南星、高攀龙等，革杨涟、左光斗等人之职，任阉党顾秉乾为内阁首辅，兴迫害东林党人之大狱，如天启六年之六君子之狱、七君子之狱等。
天启五年五月，熹宗至西苑，与小太监泛舟为戏。
船至深水处翻覆，虽获救，然落下病根。
后身体稍复，又饮酒作乐，为求永生，饮“仙方灵露饮”。
天启七年八月二十二日，熹宗崩于乾清宫，终年二十三岁。
遗诏其五弟信王朱由检继位。
谥号达天阐道敦孝笃友章文襄武靖穆庄勤悊皇帝，庙号熹宗，葬于明十三陵之德陵。
【后世评价】：
《明史》载：“明自世宗而后，纲纪日以陵夷，神宗末年，废坏极矣。虽有刚明英武之君，已难复振。而重以帝之庸懦，妇寺窃柄，滥赏淫刑。忠良惨祸，亿兆离心。虽欲不亡，何可得哉。”
《寄园寄所寄》云：“明熹宗天性极巧，癖爱木工，手操斧斫，营建栋宇，即大匠不能及。”
崔瑞德言：天启朝乃中国历史之灾厄时期，在明朝不肖之统治者中，天启皇帝名声最恶。
张鸣曰：南朝东昏侯成天与嫔妃玩买卖游戏，明熹宗整日唯知做木匠活，实乃心思未置于大事，论智商，恐未必甚差。
林洛云：熹宗最大之长乃做木匠活，且手艺精湛。若为木匠，倒亦称职，奈何为帝。熹宗又为一匪夷所思之皇帝。其对明朝最大“贡献”，乃重用魏忠贤以治国家。
熹宗之功，在位初期，东林党势大，吏制稍清。重用杨涟、左光斗、赵南星、袁可立等东林党人。
在其辅佐下，提拔孙承宗、袁崇焕等防边。于澳门问题，态度强硬，与荷兰殖民者两次于澎湖交战，且获胜利。
天启四年，遣游击张焘向澳门波加劳铸炮厂购大炮，由葡炮手护送赴京。
熹宗之过，纵容乳母客氏与宦官魏忠贤专权，致其胡作非为，陷害忠良，尤酷虐迫害欲改良明朝政治之东林党人，制造“乙丑诏狱”“丙寅诏狱”等冤狱。
魏忠贤遍树党羽，排斥异己，致政治黑暗，朝廷正人君子殆尽。
熹宗对亲人颇善，因爱张皇后，使魏忠贤、客氏虽权势滔天，亦不能动皇后。
临终，毅然传位于弟朱由检，且嘱其善待张皇后，颇有情义。
熹宗酷爱木工，或因专注木工而忘国家大事。
即位后罢有胆知兵之熊廷弼，致辽东局势日危。
熹宗有“木匠皇帝”之称，以其心灵手巧，于制造木器兴趣浓厚，凡刀锯斧凿、丹青髹漆之类木匠活，皆亲力亲为，且手艺精妙。
熹宗之统治，对明朝影响重大。
一方面，阉党专权与政治腐败，加剧社会矛盾，使明朝统治摇摇欲坠。
东林党人遭迫害，致政治生态恶化，正直之士难展其能，国家治理受严重影响。
另一方面，辽东局势恶化，后金对明朝威胁日重，给明朝边防带来巨大压力。
然不可将明朝灭亡之责尽归熹宗。
明朝后期诸多问题，如宗室臃肿、土地兼并严重、财政压力巨大等，在熹宗之前已渐积累。
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