故事开始于一个荒凉的地方，天空灰暗，风雨交加，一只名叫小猴的猴子被困在石洞中。小猴本来是一只欢快的猴子，但是在一次追逐比赛中，它被其他猴子甩在了后面，跑着跑着就迷路了。它不知不觉间来到了这个荒凉的地方，洞内凸凹不平，又暗又湿，小猴感到非常失落和孤单。
就在小猴即将放弃的时候，它看到了一只闪烁着光芒的猴子宝可梦，它是一只神隐猿。小猴很惊讶，因为在这个寂静的地方，除了小猴和神隐猿，再也没有其他生物了。神隐猿发现了小猴的困境，它很友善地向小猴伸出了援手。
小猴感到非常感激，它和神隐猿谈得很来，两只猴子形影不离，开始了一段奇妙的旅程。在这段旅程中，小猴学到了很多东西，比如如何寻找食物、如何判断方向、如何和其他猴子相处等等。神隐猿也教给小猴很多技能，比如如何攀爬树木、如何捕捉昆虫等等。
随着旅程的深入，小猴逐渐发现了神隐猿的秘密。原来，神隐猿是一只非常稀有的宝可梦，据说它具有神奇的力量，可以控制自然界的元素。神隐猿告诉小猴，它一直在寻找一只与它搭档的宝可梦，只有找到合适的搭档，它才能发挥出全部的力量。
小猴非常感兴趣，因为它一直梦想着成为一只强大的猴子宝可梦。于是，小猴和神隐猿一起踏上了寻找合适搭档的旅程。在旅程中，神隐猿和小猴遇到了许多不同种类的宝可梦，但是没有一只能够符合神隐猿的要求。神隐猿有些沮丧，但小猴却一直鼓励它，告诉它一定会找到合适的搭档。
就在小猴和神隐猿几乎要失去信心的时候，他们遇到了一只名叫志伍卡的宝可梦。志伍卡是一只小小的鸟宝可梦，它有一张粉红色的嘴巴和两个圆圆的眼睛，看起来非常可爱。神隐猿对志伍卡做了一次测试，很快就得到了结果：志伍卡就是它一直在寻找的搭档。
小猴、神隐猿和志伍卡一起继续旅程，他们遇到了越来越多的挑战。有时候是自然界的力量，比如巨大的风暴和地震；有时候是其他宝可梦的攻击，比如毒蛇宝可梦和火龙宝可梦。但是小猴、神隐断前行。
最终，他们来到了一片神秘的地方，那里有一座古老的神庙。在神庙的中心，有一个古老的碑文，上面记载着一个传说：只有三只宝可梦能够拥有神力，他们必须合体，在神庙中完成祭祀，才能让神庙中的三个神像复活。当三个神像复活之后，神庙的秘密就会揭开。
小猴、神隐猿和志伍卡看到了碑文，他们知道这是一个不可错过的机会。于是，他们开始探索神庙，解决各种谜题和陷阱。在探索的过程中，他们遇到了其他宝可梦，有的是朋友，有的是敌人。他们一起面对各种困难和挑战，最终成功完成了祭祀。
当三个神像复活之后，神庙中的一个传送门打开了。小猴、神隐猿和志伍卡走进传送门，来到了一个神秘的地方。在那里，他们遇到了一只古老的宝可梦，它名叫传奇巨猿。
传奇巨猿告诉小猴、神隐猿和志伍卡，他们是唯一能够拥有神力的三只宝可梦。他们需要合成一个完美的三位一体，才能发挥出全部的力量。传奇巨猿将他的一部分力量传递给了小猴、神隐猿和志伍卡，他们三个合体，化身为传奇大猴。