在黯能增幅装置被摧毁后的日子里，宇宙联盟迅速抓住了这来之不易的战略优势，对黯影族残余势力展开了全面清剿。念志腾亲自率领宇宙联盟的主力舰队，穿梭于各个星系之间，不给黯影族任何喘息的机会。每到一处，他们都能看到战争留下的创伤：被摧毁的星球、流离失所的居民、废弃的宇宙设施。这些景象更加坚定了念志腾彻底消灭黯影族威胁，重建宇宙和平的决心。
随着战争的推进，黯影族的抵抗愈发微弱。他们的舰队在宇宙联盟的强大攻势下节节败退，曾经横行宇宙的黯影族势力逐渐被压缩到几个偏远的星系。然而，念志腾并没有因此而掉以轻心。他深知，黯影族在过去展现出了顽强的韧性和惊人的创造力，即使是残余势力，也可能带来意想不到的危险。
在一次针对黯影族最后据点的围剿行动中，宇宙联盟舰队遭遇了黯影族的殊死抵抗。黯影族利用据点周围复杂的星带和小行星群，布置了重重防线。他们还使用了一种新型的黯能干扰武器，使得宇宙联盟舰队的通讯和导航系统受到了严重干扰。一时间，宇宙联盟舰队陷入了混乱，进攻受阻。
念志腾冷静地分析着战场形势，迅速调整战略。他命令一部分舰队利用小型侦察飞船，避开黯能干扰，从侧翼迂回进入星带，寻找黯影族防御的薄弱点。同时，他组织科研人员对黯能干扰武器进行研究，试图找到破解的方法。经过一番艰苦的努力，科研人员终于发现了黯能干扰武器的工作原理，并研发出了一种针对性的反干扰装置。
在反干扰装置的帮助下，宇宙联盟舰队的通讯和导航系统逐渐恢复正常。迂回进入星带的舰队也成功找到了黯影族防御的薄弱点，发动了突然袭击。在内外夹击之下，黯影族的防线终于被突破。宇宙联盟舰队如潮水般涌入黯影族的据点，展开了最后的决战。
经过一场激烈的战斗，黯影族的残余势力被彻底消灭。念志腾站在旗舰的指挥台上，看着眼前被摧毁的黯影族据点，心中五味杂陈。这场持续了许久的战争终于画上了句号，但他知道，宇宙联盟为此付出了巨大的代价。无数的生命消逝，无数的星球遭受重创，宇宙的和平与安宁被彻底打破。
战争结束后，宇宙联盟立即投入到了紧张的重建工作中。各个星球开始清理战争废墟，修复受损的基础设施，帮助受灾的居民重建家园。科研团队也没有停下脚步，他们继续深入研究黯能，试图彻底解开黯能的秘密，防止类似的危机再次发生。
在一次科研研讨会上，负责黯能研究的首席科学家艾丽西亚向念志腾汇报了最新的研究成果。“将军，经过我们的研究，我们发现黯能并不是一种完全独立的能量形式，它与宇宙中的其他能量存在着微妙的联系。我们初步推测，黯能可能是宇宙在某种特殊情况下产生的一种能量变异。”
念志腾听后，陷入了沉思。“如果是这样的话，那么我们是否可以利用这种联系，找到一种更加有效的方法来控制和利用暗能呢？”
艾丽西亚点了点头，“这正是我们接下来的研究方向。我们希望能够找到一种方法，将黯能转化为一种对宇宙有益的能量，为宇宙的发展提供新的动力。”
与此同时，军事团队也在加强训练，提升宇宙联盟的整体防御能力。他们对现有的武器装备进行了升级改造，研发出了一系列新型的武器和防御系统。外交团队则积极与各个星球沟通合作，进一步巩固宇宙联盟的团结。他们组织了多次宇宙和平会议，邀请各个星球的代表参加，共同商讨宇宙的未来发展方向。
在一次宇宙和平会议上，来自不同星球的代表们纷纷表达了对宇宙联盟的支持和对和平的渴望。一位来自遥远星系的代表说道：“在这场战争中，我们深刻地认识到了团结的力量。只有宇宙联盟的所有成员齐心协力，我们才能共同应对未来可能出现的各种威胁。”
念志腾在会议上发表了重要讲话，他回顾了战争的艰辛历程，感谢了宇宙联盟所有成员的付出和牺牲。“这场战争虽然给我们带来了巨大的伤痛，但也让我们更加坚定了守护宇宙和平的决心。我们要从这场战争中吸取教训，加强自身的实力，共同构建一个更加美好的宇宙家园。”
随着重建工作的不断推进，宇宙逐渐恢复了往日的生机与活力。各个星球之间的贸易往来重新繁荣起来，文化交流也日益频繁。宇宙联盟的影响力不断扩大，吸引了越来越多的星球加入。