白世界——
小智一行人打完了尼比道馆，一路前行，路上还遇到了火箭队想要抓捕月见山的皮皮，小智跟他们进行了一番打斗拉扯，最后皮皮挥指摇出伤害极高的将火箭队打飞。
后面小智他们来到了华蓝市，从而也发现了小霞的身份—华蓝市的道馆馆主，小霞在她的四个姐妹之中，是最年轻的。
小智独自去华蓝道馆，发现里边水池有三个小姐姐正表演节目。
皮卡丘看得目不转睛，而小智内心毫无波澜，还只关心道馆馆主所在何处。
表演结束后，小智找到华蓝三姐妹，但对方没有斗志，他差点就白嫖一个徽章，小霞站出来跟小智对战。
虽然对战中有些小插曲，但小智也是有惊无险地‘拿下了’徽章。
再到后面遇到了一个连胜九十八场的猛兽使小明，被对方嘲讽一番后，小智在小霞跟小刚的支持下，成功地被对方训练有素的穿山鼠一穿二，皮卡丘又不肯上场。
被教训了一番，小智一行人来到了一所宝可梦学校，遇到了一位漂亮又厉害的女孩——优藤圣代。
优藤圣代可是连小智见到都会脸红的女孩，不过性格比较臭屁，有些过分的自负，目空一切。
小霞上去跟她对战，优藤圣代的实力很强，用隆隆石就击败了原本克制自己的宝石海星，小霞感到大为震惊！！！
但后面跟小智对战一番，却妥妥地被小智了教训一顿。
后续，小智一行人来到了一处森林，就在路上遭遇了一系列的陷阱，而实际上这些陷阱是宝可梦乡为了预防外人接近而设置的。
小智就在这里遇到了妙蛙种子，妙蛙种子是被抛弃的宝可梦，它在宝可梦乡被小翠照顾所以自愿留下来守护宝可梦乡。
在火箭队的助攻下，小智和妙蛙种子互帮互助，妙蛙种子也对小智产生了信任，之后小翠要求小智把妙蛙种子带走，不过妙蛙种子要先跟小智进行一场对战来看小智的实力到底如何。
经过皮卡丘的努力，小智收服了妙蛙种子。
......
“好坚强的妙蛙种子！”
柚莉嘉看到小智与妙蛙种子的相识过程，为妙蛙种子守护宝可梦乡感到惊叹。
“嗯，那时候妙蛙种子被训练家抛弃，对人类很有戒心，不过后面它也跟着我一起旅行，结识了很多伙伴！”
说着，小智想起了妙蛙种子，那个小家伙现在应该跟大木博士一起看光幕上播放曾经的事情吧。
遇见了妙蛙种子，接下来就是杰尼龟、小火龙了吧，有一段时间没见过它们了，还真有点想念他们呀！
......
白世界——
小智收服了妙蛙种子，便继续旅行，这次他遇到了小火龙。
小智又想收服，但小火龙不想被小智收服，它还要在这里等待它的训练家。
既然小火龙有主，小智也不勉强，他到了路上的宝可梦中心，刚好碰到了小火龙的训练家，那家伙还在跟他的朋友说是嫌弃小火龙太弱，故意丢在那里的，根本不会去接它。
嘲笑小火龙的单纯、忠诚。
小智三人让小火龙的训练家大佑去接小火龙，但大佑桀骜不驯，还想要跟小智他们打一场，大佑的朋友纷纷附和帮助他。