因为老领导孙无终的荐举，刘裕转入刘牢之的麾下，担任参军。
十二月，刘牢之率部抵达吴地，派刘裕领数十人侦察义军的动向。不巧碰上数千义军，刘裕率众迎战，在随从战死大半的情况下仍手舞长刀，酣战不止。后来，刘牢之的儿子刘敬宣及骑兵主力相继前来，起义军溃退，刘裕乘胜收复山阴。孙恩逃回海上。
隆安四年五月，孙恩攻克会稽郡，杀死谢琰。十一月，刘牢之再次领兵东征，孙恩败退。刘牢之驻扎上虞，派刘裕戍守句章城。句章城矮小，士兵又不到数百名，刘裕常常披坚执锐，身先士卒，每战都冲锋在前，起义军这才退回浃口。
隆安五年春，孙恩频繁进攻句章城，每次都被刘裕击败。
十一月，刘裕在海盐再度击破孙恩。自此，他三战三捷，俘虏义军数以万计，而义军遭遇“饥馑疾疫”，死亡过半，从浃口撤至临海。
在转战三吴的几年中，刘裕屡充先锋，每战挫敌，其军事干略得到初步显露。他不仅作战勇猛，披坚执锐，冲锋陷阵，且指挥有方，富有智谋，善于以少胜多。当时诸将纵兵暴掠，涂炭百姓，独有刘裕治军整肃，法纪严明。他率水军继续追讨孙恩，孙恩畏惧被擒，于是在临海（治章安）投海而死。
可谓是“孙刘之争”再起。
毫无疑问，孙恩是刘裕的经验宝宝，为刘裕这个东晋大魔王的一路升级提供了前期必不可少的新手大礼包。
在一次侦察战役中，刘裕更是封神，成就了他“以一敌千”的千古美名，除此之外，当时诸将大多纵兵暴掠，涂炭百姓，唯有刘裕治军严肃，法纪严明。
随着刘裕平定孙恩起义，也让刘裕在北府军中开始崭露头角，有了一定威望。】
“这后人还真是会开玩笑，什么‘孙刘之争’风云再起，哈哈！”
刘备哭笑不得，这都过去百多年了，哪还有当年人物啊？
“大哥，人家后人也没说错啊，都是在南方打斗，而且这刘裕不也是汉室宗亲后裔？”张飞不以为意，每次看似无心的话语，却总是能点到正题：
“后人总喜欢提到三国，喜欢提到大汉的俺们，这不正是后人表达对咱的一种喜欢吗？”
简雍轻皱着眉头，一脸的匪夷所思道：“翼德，你什么时候长脑子了？”
“简宪和！你别以为和俺老乡，俺就不会揍你了！”
【因为孙恩起义，造成了京防空虚，这给了盘踞长江上游军事重镇荆州的桓玄以可乘之机。】
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