时间很快过去了三天，三天的时间足以让那些在燃烧军团号接受治疗的机师全部恢复，而原本聚集在NERV总部的胜利舰队，也在萧然于燃烧军团号食堂公布了机体升级的事情之后分散了开来。
永恒号最先离开，带着龙族的女巫公主莎拉返回了西历世界，在西历世界那边接上曙光社，以及PLANT，最后还有天人那边的技术人员之后，就会直接前往月球的阿纳海姆和其他人进行汇合，同时也会把一直留在西历世界的艾尔埃尔夫接过来。
一起离开的还有星野琉璃的抚子号，带着亚捷那尔第一中队的人离开，并且带上了三十台左右的来自于安布利欧的PM一起前往了亚捷那尔，准备将这批机体交付给亚捷那尔使用，同时星野琉璃这边也会负责带回属于尼路加重工的技术人员和设备过来。
然后是拉·凯拉姆号，拟·阿卡马号，丹奴之子号，托勒密号四艘舰船带着除了燃烧军团号成员，大和号成员之外，全部直接前往了月球的阿纳海姆，也将会是第一批进行机体改造，更换的成员，而要改造的也不只是机体，包括战舰也同样在改造的计划当中。
如此多的机体和战舰要进行改动，时间紧任务重，真的是将两个世界的力量凝聚在一起，一起努力的在为胜利舰队创造更好的条件。
EVA小队的成员全员留在了NERV总部，初号机需要进行检查，二号机需要进行彻底的修复和装甲重置，零号机嘛则需要完全的重建，所以碇真嗣虽然只是昏迷了一整天的时间，但也必须和被救回来的明日香，凌波丽两人留在NERV配合三台机体的相关事物。
而从NERV这边离开之前，萧然也得到了有关于其他EVA的情报，是由碇源渡亲自送到萧然手中的情报，之前碇源渡的确是准备量产EVA，而且还真制造了好些出来，除了初号机，零号机，二号机，以及被毁灭的三号机之外，碇源渡一开始拟定了二十二台EVA的制造计划，但因为三号机所出现的情况，除了已经制造完成的十三号机前面的，后面的则被全部的终止。
对于十三号以后已经制造出来的零件则全部用于对初号机，二号机，零号机，后续还会增配到胜利舰队的十三号机，八号机后备维修部件，全部送到了胜利舰队当中，当然也留下了部分对零号机，二号机进行重建和修复工作。
八号机的机师叫做真希波，也是在和魔神ZERO开战之前时，顶替去测试三号机的明日香所驾驶二号机的机师，一个带着眼镜的眼镜娘，如果抛开主角光环因素的影响，那么这位真希波反倒是最了解使徒，最了解EVA，也是技术最强大的一名EVA机师了，至少在萧然的眼中是这么觉得的。
而十三号机则是一台双人驾驶的EVA，一个人倒也不是不能驾驶，只是只有两个人才能真正发挥出十三号机的力量来，而其中一名机师则是鼎鼎有名的渚薰，那个不少人称之为最后使徒的家伙，更关键的是十三号机竟然是由使徒直接安装装甲改造完成的。
萧然当时在看见碇源渡将这些资料送上来，特别是关于十三号机的资料以及渚薰的资料之后，没人看见萧然的脸一下子黑了起来，那一分钟萧然真的有种碇源渡你自己想死不要拉着我们大家一起去死的想法。