所以柱间一般情况下是病死的，而死因就是狂犬病。
因为对于因陀罗的查克拉转世的斑来说，轮回眼的开眼需要阿修罗和因陀罗两者的查克拉，而如果柱间不死掉的话，阿修罗的查克拉就会一直在柱间的身上，斑是不可能得到阿修罗的查克拉，用来引出六道仙人的查克拉，开眼轮回眼的。
当时移植了柱间的细胞的只有宇智波斑一个人，所以初代死后，就像影分身解除后，影分身的意识和查克拉会自动回归本体一样。
虽然柱间死掉了，但是柱间的身体一部分还活着，所以柱间体内的阿修罗的查克拉，受到了柱间身体的吸引，寄宿到了斑胸口的柱间细胞上了。
至于为什么阿修罗的查克拉会寄宿到鸣人身上，就是因为当时斑已经死掉了，因陀罗的查克拉就像转世投胎一样的，找到了一个最合适的胎儿，就是宇智波佐助，如果斑早死四五年的话，因陀罗就到宇智波鼬身上了。
因为斑死掉了，阿修罗的查克拉也同时被释放了，但是千手一族并没有合适的人选，纲手是老处女，而其他的千手一族提都没有到，所以阿修罗的查克拉找不到。
唯一一个和千手一族有着相似的血统的人，就是漩涡鸣人了，他有着一部分的漩涡一族的血统，而漩涡一族和千手一族的血统相近，阿修罗就只好将就一下了。
因为阿修罗的查克拉担心自己等不到纲手结婚生孩子的那一天。
做一个假设前提：忍者和正常人拥有同样的身体构造和生理期。意思就是忍者和人一样都是细胞构成的，这点在查克拉是从全身300亿个细胞中提炼而来的可以证实。
前提成立的条件下，开始推导：
可知细胞一直在分裂以及死亡，并且细胞分裂次数是有限的，当分裂速度赶不上死亡速度或者说细胞分裂次数用完了，那人就衰老死亡。
回到柱间身上，明确知道他是仙人体，根据回忆时候的剧情大概概括为查克拉量多，回复快，媲美甚至超过尾兽，然后班在看到纲手阴封印自愈的时候，侧面提到过柱间仙人体不用阴封印，靠体质就能更快的愈合伤口。根据以上得出两点结论。
1.柱间的细胞个数以及细胞质量或者说活性远远超过常人。数量多了能承载的查克拉自然更多，活性强的话，源源不断的自我产生查克拉。
2.柱间的细胞分裂速度超级超级快，受过外伤的人大概知道伤口愈合很缓慢。别人几天愈合的伤口，柱间只要几秒。
哪怕是仙人体，也肯定存在极限。连六道都不能身体长存，而只是留下精神，更别说只是六道后代转世的柱间了。所以柱间战斗的越多，受的伤越多，细胞分裂次数就越多，越来越接近极限。
剧情里他和班是打了三天还是几天没休息过，战斗强度可见一斑，还是班这种旗鼓相当的对手。
可以推测，他和班决战的时候细胞分裂已经到极限了，最后撑着一口气回到木叶交代后事，没几天就死了。
看了一些评论后，我觉得我这个回答确实有前后矛盾的地方。
柱间死后其细胞仍然具有活性，尸体不腐，以至于被移植被用来秽土转生。那如果不是细胞死亡引起的身体衰竭，就只能是脑死亡了，但这点剧情里找不到佐证。
我只是在各种可能性里，指出一种我认为可能性比较大的回答，有质疑的你可以说出你的观点，互相探讨，互相学习。你要抓着一些bug点深究，那我无法回答你，只能说岸本就这样设定，他想谁死，没有原因，那个人就死了。
很可能是终结之谷大战后，初代感觉自己命不久矣，就召开五影大会，分配尾兽，以二代的能力无法镇压那么多尾兽，索性分配出去，让五大国保持均势。
其实我着重想说的是柱间和斑爷的实力问题，很多人都认为初代是吊打斑，我不这么认为。我认为两人的实力始终是在伯仲之间，这也是官方的设定，初代是赢在意志。终结之谷那一战，两人大招对撞，初代封印九尾后都选择了肉搏，如果初代真的强过斑爷很多，那么利用顶上化佛作战岂不是更有优势，要知道斑爷已经失去了九尾，其实也说明了在击碎了威装须佐能乎后，初代也无力维持顶上化佛，只能选择肉搏。肉搏的结果是斑从后面被偷袭击败，这并不是输在实力上。当然有人说斑爷靠九尾作弊，那是他的通灵兽，通灵兽当然也要计入实力之内。
以上只是一点浅见，本人不论武，只是看到这个问题有感而发，况且我火影看得也不细致，碰到论武大神被打脸的话，我也只能无奈，不喜勿喷。
首先，初代之死==第一次忍界大战。不然的话我实在想不出理由其他四国怎么敢去反抗忍者之神。然后，就是对其他四国的初代影的实力进行分析（我是认为，忍者的整体实力是随着时间流程不断倒退的。从忍界大战我就感觉，像三代土影的实力明显是高于其他后辈影的。像三代雷影更是单挑尾兽，二代水影也是强的把弱点告诉其他忍者都把他们撸死。而且作为和宇智波斑千手柱间同时代同地位的其他四影，虽然剧情中没有描述，但是我觉得实力至少也是二代火影一级的。）
那么，按照宇智波斑和千手柱间大战的规模，到达他们那个级别的初代四影或许能够感知到，然后以此为契机，联手进攻木叶呢？对于忍者体系实力后期的崩坏，我觉得他们至少都可以像佩恩一样，轻而易举的进到木叶内部。甚至不需要四影联合，只需要一位或者两位，再带上柱间分配给他们的尾兽，就算木叶当时再怎么强大（常年征战，虽然我觉得高端战力很多，但是也属于外强中干）也很难抵挡初代影级。
所以我就大胆的猜测：已经接近极限的柱间疲惫的回到村子，然后看到木叶正在遭受危机，然后以死阻挡了敌人的进攻。或许将这个初代影当场格杀，但是更大的可能是自己与他同归于尽，而他们村子里的人担心火影进行报复，遂联合其他村子一起掀起了忍界大战。
也恰恰是因为深感自己的不足，二代火影继位以后思念自己的哥哥才开发的秽土转生之术。（这个纯属猜测，可信度不高。）
哈哈，这个脑洞是以前也想写火影同人时候想到的。毕竟我的同人理念就是去挖掘隐藏剧情，比如说为什么波风水门的成名战役，宇智波止水瞬身之名是怎么成就的，桃地再不斩暗杀水影又是怎么跑出来的。第一次忍界大战的起因和终结，以及为什么二代火影会带着部下陷入危险的局势（
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