对付叛军水师的事情就交给郑家军水师了，李国栋的陆师还要收拾几座城池。在珠江口东岸一带，还有大鹏千户所和新安县城（今深圳南山区）等城池需要攻破。淮军对付那些烂到极点的千户所，简直不要太轻松。五千步兵抵达了大鹏千户所城外，城内的守军就主动打开城门投降了。
拿下了大鹏千户所后，淮军又直奔新安县城而去。
攻打县城的时候，淮军受到一点阻力，毕竟附近的士绅都逃进新安城内了，这些士绅带着家仆逃进城内，淮军来了还不可怕，最可怕的是跟在淮军后面的锦衣卫，那些阉狗一到，可是要打土豪分田地的，所以这些士绅必须誓死抵抗到底。
也就在淮军南下清扫附近的千户所和新安县城的时候，趁着潮水冲入珠江的郑家军水师已经同叛军水师展开了一场激战。
施琅的淮军水师并没有参与此战，而是南下虎门，去接应李国栋他们。施琅估算着，等自己接回了楚国公之后，珠江水战也结束了，到时候淮军陆师就能在郑家军水师的掩护下逆流而上，进入广州，向广州的伪朝发起攻击。
东江口的江面上，炮声隆隆，郑家军水师同叛军水师展开了一场规模浩大的水战。与其说是水战，事实上是郑家军狂虐叛军广东水师。
郑家军水师趁着天文大潮的机会，船队由逆水变成了顺水，在潮水的推动下，摆放着前面的郑家军小船队排出了五点梅花阵，直向叛军水师冲了过去。五点梅花阵的外围是一圈用来保护火攻船的小舢板，中间是火攻船。五点梅花阵的后面，是郑家军的大型炮舰。可是那些大型炮舰摆开的阵型不是一字长蛇阵，也是五点梅花阵，中间是大型战船，外围是准备用来跳帮的快船。
“郑家军真不愧是专业打水战的水师啊，靖海侯的排兵布阵比起我们淮军水师来，确实是强悍多了！”留下来考察郑家军的张世文感叹道，“再看看我们的水师，每次水战，排的什么阵型？前面是乱哄哄的小船和快船，后面的大船排一条直线，简直毫无章法。”
若是李国栋在的话，肯定对张世文的这番话不赞同。
事实上，郑家军的水战战术，在这个时代已经是开始落后了。随着舰炮的威力越来越大，以往海战的跳帮作战模式逐渐被战列线模式所取代，欧洲强国之间的海战，已经是采取了一条直线的阵型，以利于大小战舰一路过去，从头到尾发挥火力。
而且西方的舰队，已经取消了跳帮作战的快船，只保留火攻船和保护火攻船的中小型战舰。
早在一五八八年的格拉沃利讷海战之中，英国人就是以大型战舰、纵火船和三桅快船的联合攻击手段，击败了西班牙人的无敌舰队。英军的战术就是大舰排列着一字长蛇阵，从敌方舰船跟前排列着一字纵队驶过，再以猛烈的炮火轰击敌舰。而英军的纵火船和小型战舰是排列着看起来乱哄哄的阵型，不断的偷袭西班牙人的巨舰。
格拉沃利讷海战中，英军的战术灵活机动，再加上西班牙人运气太差了，结果遭到了惨败，在海战中，十多条战船被英军烧毁，败退之后的无敌舰队大部分的战船毁于风暴。
英国人的火炮射程远，精度高，而那些用来保护纵火船的海盗船，虽然船很小，但是火力并不弱，而且船速非常快，机动灵活的打击西班牙人的大型战船，再以纵火船烧毁西班牙人的巨舰。
李国栋的淮军水师，事实上就是采取了英国人的战术，在小船上安装火炮，袭扰敌军，摧毁敌军小船，再以纵火船攻击敌军大船。己方的大船排列一字纵队，可以充分发挥各舰火力。
所以说，李国栋的水师看起来阵型毫无章法，其实是一种新的海战模式，放弃了跳帮白刃战，全部依靠火炮和火攻。