李国栋招募的新兵，主要是编入辅兵、弩兵和鸟铳手的队伍中，这些兵种不需要多少训练，只要三个月的训练，就能从农民变成战士。进入了秋高气爽的秋季，降雨减少，驻守洪泽湖的张世文干脆断绝了运河用水，导致徐州以南的运河基本上陷入断航状态，运河水位下降严重，大型船只无法通航，只能通行小舢板了。
通往京城的漕运虽然已经断绝，可是两淮之地的航运仍然繁荣。盐商和粮商就依靠这条运河赚钱，如今运河航运断了，盐商和粮商的利益受到严重影响。李国栋为此事遭到了朝中言官激烈的弹劾，不过这些弹劾的奏折崇祯根本看不到。对李国栋不利的奏折到了王承恩手里，全部都被扣下了，根本不可能送到崇祯手中。
洪泽湖的水蓄得满满的，好大的一湖水高悬在两淮头顶，随时可能倾泻而下。
虽然北方的满清和李自成尚在激战之中，可是两淮一带的空气中已经可以嗅到了战争的气息。
北方，李自成在一片石战役中战败，精锐老营兵折损近半，之后撤离了京城。
不过这次李自成和原本历史上的做法有些不同，崇祯的太子和另外两位王子都被李自成带走了，被李自成当成要挟崇祯的筹码。原本的时空，李自成撤离京城的时候，把崇祯的三位皇子都给丢了，因为留在手里也没用，崇祯在煤山自尽了，还留着三个皇子要挟谁？现在不一样了，崇祯还活得好好的，太子在李自成手里，崇祯要有什么动作，都要掂量掂量。
李自成虽然战败了，丢失了京师、山西和中原，可是在襄阳和陕西还有数十万大军。
大同姜镶向满清投降，使得陕北的大门对清军敞开。为了摆脱困境，李自成龟缩在陕西养精蓄锐，准备再找机会同清军决一死战。
可是，关中河南一带连绵的战争，已经使得潜力耗尽，躲避战争使得百姓们无力种粮，再加上干旱使得这一年的秋收锐减，闯军根本筹措不到足够的粮饷。靠打大户固然能够短时间内弄到大量的财富粮食，可是几年来，河南关中一带的大户早已打完，闯军还能去哪里抢粮食？
满清也没有给顺军重整旗鼓的时间，崇祯十七年十月十九日，阿济格、吴三桂、尚可喜率八万满蒙汉八旗军自北京向西一路绕道蒙古进攻陕北，途中把宣府、大同的降军尽数抽调，被清军用来充当炮灰的原明军降军达到了十多万之众。
阿济格以姜镶等降将率领的绿营军放在前面打头阵，充当炮灰，猛攻闯军。驻守陕北的高一功组挡不住，被清军攻入上。
清军攻入了陕北，两路清军对闯军形成了钳形攻势。
南路清军，由多铎率军，麾下大将孔有德、耿仲明等，共有满汉八旗兵五万余人并唐通、刘良佐等绿营兵六万余人，共计十一万清军，从北京南下，直扑潼关。
南下的清军沿途过去，北直隶、河南等地被闯军祸害得惨了的士绅夹道欢迎，各种地主武装、民团纷纷加入清军，使得绿营军的实力飞速膨胀到了十多人的规模。
李自成大军驻守潼关坚守不出，可是曾经易守难攻的潼关，在清军的大炮面前却不堪一击。
清军以红夷大炮、大将军炮、野战炮和重型佛郎机猛轰潼关，炮弹下雨一样落在关城上，闯军死伤惨重。随后清军以绿营军放在前面充当炮灰，后面紧跟着汉八旗火铳手，再后面是满八旗弓箭手压阵，向关城发起了猛攻。
李自成抵挡不住，丢了潼关退回关中。
清军攻破李自成的老家米脂，随后在米脂实施了惨无人道的大屠杀，李自成老家，无论男女老幼全部长清军屠戮。
李自成战败，放弃了关中，退到襄阳。