剿灭了王嘉胤部的三万余流寇之后，洪承畴对功劳进行分配。按照惯例，洪承畴自然是把曹文诏、曹变蛟和李国栋这三员的破贼大功，分配给各部将，给他自己也分了不少功劳，再奏报朝廷。
原本李国栋和曹变蛟两人所率的军队便斩首两千余级，曹文诏斩首一千余级，俘虏两万多人，又被洪承畴斩了八千多名俘虏，总计斩首一万两千余级，遣散流民一万四千余人，逃走三千余流民，李国栋收编了两千流民。如此大功，洪承畴给没有出力的马科、李卑等将领也分了功劳，给了自己最大的功劳。
对于洪承畴的做法，李国栋心中虽然不满，但他也只能捏着鼻子忍了，现在自己的实力还弱小，还不到和大明朝廷翻脸的时候，而且这时候和大明闹僵了，最终只能便宜了流贼和建奴。
分配了功劳之后，洪承畴决定亲自率部前往庆阳，追击混天猴和独行狼部流贼。
李国栋并没有跟随洪承畴去追杀混天猴、独行狼部流贼，而是提出，要求派遣一支官兵同自己配合，堵住盘踞在平阳府一带的王自用、王子顺、马守应等流贼。
洪承畴手指在地图上比划着：“我军虽剿灭贼首王嘉胤部三万余，可是盘踞山陕两地贼寇尚有三十余万人！平阳府境内更是有巨寇王自用三万余人，精锐老贼五千余人，且以回回铁骑为主力，恐怕不好对付。”
“王嘉胤伏诛之后，王自用便成为贼首。俗话说擒贼先擒王，既然贼人以王自用为贼首，那我们就再打掉他便是了。”李国栋回道。
“李将军为何说王自用是贼首？如今王嘉胤刚镇压，贼人恐怕尚未推出盟主吧。”
“洪督臣，末将在河曲、偏关都同流贼交谈过，王自用乃流贼二当家，大当家王嘉胤为我所斩，二当家上来的可能性最大。”
“王自用这股流贼兵力雄厚，人多势众，又占据了坚城固守，我军围剿不要说能否攻城，恐怕进入平阳府境内，同贼寇决战于野外，尚且难以取胜。欲灭贼寇，还需各个击破，先取弱敌，再寻求攻击强敌。”洪承畴眉毛微微挑了一下，摇了摇头。
“请问洪督臣，若是我军人数同贼寇相当，两军对战，谁能取胜？”李国栋明知故问，引导洪承畴。
“自然是我军强过贼军！”
“那不就得了？既然我军战力强于贼军，那么我军先化整为零，以声东击西分散敌军，待到敌军分散，我军再化零为整，围点打援，围住一支贼寇，迫使其他贼寇来援，我军即可半路设伏，一举歼之。”
真实历史上的洪承畴，虽然对剿灭流贼的态度十分坚决，可是他的打法也不灵活，是采取旷日持久的围困法，即便是王嘉胤被杀，流贼军心涣散，士气低落的情况下，洪承畴仍然采取围困的办法守株待兔，等到了张存孟杀了两名部将前来投降；混天猴、独行狼部向庆阳方向突围，于是洪承畴带兵紧追不舍，杀了混天猴和独行狼，招降了白广恩。
但很快，张存孟又再次造反；而洪承畴追杀混天猴和独行狼部的时候，王自用、王子顺和马守应部得到了喘息的机会，又支撑了两年，才被洪承畴歼灭大部分主力。