张角利用他在民众中的威望，将青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八州的信众分为三十六方；大方万余人，小方六七千人；每方设一渠帅，由他统一指挥，为大规模的起义做好了准备，意图推翻汉朝，并建立由黄巾军统治的新天下。
“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉！”
这是张角的起义口号。黄巾势大，不少宦官认为东汉政府已无前途，纷纷投诚张角，约定黄巾军到达京师之时，便打开城门，迎接张角入朝。
公元184年（甲子年），张角相约信众在3月5日以“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”为口号兴兵反汉；“苍天”是指东汉，“黄天”指的就是太平道，而且根据五德始终说的推测，汉为火德，火生土，而土为黄色，所以众信徒都头绑黄巾为记号，象征要取代腐败的东汉。张角一面派人在政府机关门上写上“甲子”二字为记认，另一方面派马元义到荆州、扬州召集数万人到邺准备，又数次到洛阳勾结宦官封胥、徐奉，想要里应外合。
可是如此庞大的组织中不可避免地会有内奸或变节分子，再严密的城墙也会有透风的地方。另一位门徒唐周，因为得不到张角的器重，又害怕起义失败而招致杀身之祸，便向东汉政府告密。
宦官们听闻此事，当即行动起来，就在光和七年（公元184年）一月，马元义被捕，被最残忍的车裂酷刑处死。根据口供的牵引，辗转杀了一千多人，并通缉张角。由于事出突然，张角被迫提前一个月在二月发难，史称黄巾起义，因为起义者头绑黄巾，所以被称为“黄巾”或“蛾贼”，张角自称“天公将军”，张宝、张梁分别为“地公将军”、“人公将军”在北方冀州一带起事。
张角仓促间下令起兵，一夜之间，百万以上的农民，掀起暴动。他们用黄巾裹头，以分别敌友。
可惜他们没有料到，这次出现的剿灭自己的汉军，并不像这个政府一样，满是沧桑，反而个个英勇善战，以一敌十。也难怪，公元184年距羌战平息，仅十五年。东汉政府用以讨伐羌部落的军队，恰好用以讨伐黄巾。那些凉州（河西走廊）部队在血腥中成长，强悍善战，特别是经过与马背上的民族羌人的战争，不仅余下来的军队人人擅长骑射马战，更有大批的羌人投入到汉军之中，为汉军的强大注入了极强的生机。没有经过训练的农民们，面对这群虎狼之师，虽然有刀枪剑戟在手，却和手无寸铁没有任何两样，坚持不久便兵败如山倒。而正在此时，张角因为其最为钟爱的弟子马元义的被杀，而伤心不已，大病之下溘然长逝，失去领导中心的黄巾军很快就被汉军瓦解。
最高领导人张角已经病死，汉左中郎将皇甫嵩在10月于广宗便和张梁战斗，张梁军犟，于首战不能攻克。第二天，皇甫嵩闭营与士兵休息，另一方面派人观察敌军举动，黄巾军战意稍为松懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时份突袭敌阵，战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，于逃走到河堤时溺死的也有五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被破棺戮尸，运首级回京师。11月，皇甫嵩与钜鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，歼灭十多万黄巾军，黄巾之乱平息。
于是这一历史性的农民暴动，只支持了十一个月，就被分别击溃。然而，这个世界却再也不能恢复原状了。汉政权的权威遭到了严重的挑战，汉帝国的统治阶级腐朽不堪，以致没有任何途径可以解救他们；更何况黄巾起义虽被东汉朝廷镇压，但汉室威信自此遭遇严重打击，然而汉灵帝并未改观，反而继续享乐。于各地还不断发生小型叛乱，产生许多分散的势力，包括黑山、白波、黄龙、左校、青牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力大的二三万人，势力小的也有六七千人。而由张燕率领的黑山贼，甚至号称从者百万，大小骚乱不断。汉朝的一些官职制度也都遭受了毁灭性的变迁。从此，虽然有人力图改良，但都逃不过最终的一个结果：推翻汉朝，改朝换代。
特别是此时的凉州部队，在剿灭黄巾起义的过程中，将势力从西凉边境延伸到中原腹地，汉政府碌碌无为，汉军队不值一哂，使得西凉军将领开始轻视朝廷，当朝廷征召他们到洛阳担任宫廷少府时，大将之一的董卓竟然拒不接印，唯恐放弃西凉军权，此后便会垂垂等死。偏偏又遇到两个愚蠢至极的官员何进与袁绍，想利用他来胁迫何太后，从而维持汉室的统治。此种驱狼搏虎的做法，无疑是在引火自焚。公元189年，当洛阳追兵在黄河南岸小平津从宦官手中救出刘协时，董卓率领大军，适时地赶到，刘协就在凉州兵团护驾下，返回首都洛阳，是为汉献帝，从此开始了他极富传奇色彩又悲剧感十足的一生。
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