后金最后攻占旅顺的时间是天聪七年（明崇祯六年，1633 年）七月。
在这一年里，孔有德和耿仲明所率领的舟师在鸭绿江一带频繁活动，这引起了黄龙的警觉。黄龙随即派遣副总兵沈世魁率领水师官兵前去围剿，他们成功地烧毁了叛军的战船，给孔有德和耿仲明带来了沉重的打击。
孔、耿二人对此怀恨在心，一直伺机报复。当他们得知“旅顺兵尽出”，城内防御空虚的消息后，便毫不犹豫地引导后金的兵部贝勒岳托（努尔哈赤之孙，代善之子）和户部贝勒德格类统率马步兵 1 万人，如饿虎扑食般地挥军南下，直扑旅顺口。
在此之前，后金的水军力量相对薄弱，而且对明军的“红夷大炮”心存忌惮，担心在陆路进攻时会遭到猛烈的炮火攻击。然而，自从孔有德和耿仲明投降后金之后，情况发生了根本性的变化。后金不仅拥有了百余只战船，还得到了六七门红夷炮，军力得到了极大的提升，具备了攻坚的条件。
此外，后金还巧妙地利用了孔、耿二人对旅顺军情的熟悉，让他们充当攻城的先导。于是，黄金山(很小的一座山但是可以在上面架炮轰击城内，就是以后的日俄战争在这里也是争夺点，在日本侵华时，旅顺大屠杀那段时间，这里也是双方争夺的制高点，占据此山，还能封锁军港，着名的旅顺老虎尾军港，旅顺，不仅仅是半部近代史，因为史料的缺失，明一朝的历史几乎看不到，如今随着更多的史料发现，旅顺，明清争夺战并不比清被侵略时差多少，总之，苦的都是百姓，几次屠城，一个惨烈的小城，新中国成立后，是唯一一个兵团建制保护的基地，到今天也算是一个兵城)。瞬间成为了双方激烈交锋的战场，一场惊心动魄的攻守大战就此展开。
面对如此险恶的战局，黄龙却表现得异常镇定自若，他深知旅顺的重要性，决心以固守此地为己任，哪怕付出生命也在所不惜。在战场上，他身先士卒，浴血奋战，毫不退缩。
然而，尽管黄龙和他的将士们英勇无畏，但终究因为“火药矢石俱尽”，且后继无援，导致最终的败绩。在这万分危急的时刻，黄龙深知旅顺已难以继续坚守下去，于是果断决定派遣部将谭应华携带总兵官的印信跨海前往登州。
临行前，黄龙在遗书中写下了“生前不爱五尺躯，死后唯有三尺剑”这样豪迈的话语，充分展现了他视死如归的气概。同时，他还特意嘱咐部将谭应华，如果在途中遭遇敌军，务必将印信投入海中，以免落入敌手。
一切安排妥当后，黄龙在这一年的七月七日身中六箭，靠墙毅然自刎，以死明志。他的英勇行为令人敬佩不已。
而黄龙的部下骁将李惟鸾，也深知旅顺城破已不可避免。为了不被后金大军俘虏，他毅然决定自焚其家属，然后与项作临、樊化龙、张大禄、尚可义等将领一同在血战中壮烈阵亡。
最终，旅顺城被后金大军攻破，城中男女老幼共计 五千多人都不幸成为了后金大军的俘虏。这场历时十二年之久的明、清旅顺之战，在陆路上至此落下帷幕。
崇祯帝，为了表彰黄龙等人为保卫旅顺口所展现出的忠诚和勇敢行为，朝廷特别颁布诏令：“追赠黄龙为左都督，并赐予祭祀和葬礼，同时给予其后代世袭的荫庇。”此外，还下令建立祠堂，名为“显忠祠”，以纪念黄龙的功绩，而其他一同参与保卫旅顺口的人，如惟鸾等人，也将被附记在祠中，一同接受后人的敬仰和缅怀。
黄龙非不是不能死，实非是不愿不死。
实际上，在城破之前，完全有机会通过坐船的方式安全撤离。然而，他却毅然决然地选择与这座城一同走向毁灭，这种死法无疑是极其壮烈的。
之所以会出现这样的情况，主要是因为清朝对于真正的明史进行了严重的破坏。这段历史在当时被刻意掩盖和篡改，以至于很少有人能够了解到其中的真相。清朝的文字狱更是对大量明代资料造成了毁灭性的打击，许多珍贵的历史文献都因此而失传。如今，我们已经无法确切统计到底有多少明代资料在这场浩劫中毁于一旦。
“清风不识字，何故乱翻书。”
一句诗，就因为一个字，作者被清统治者砍了头。“文字狱””的厉害，今人不能知。多少大明遗民死在屠刀之下。如今只能知道那么一点点，九牛一毛。