为何要在二选一的时候，挑王行瑜下手呢？
首先，从犯罪性质入手，王行瑜是称兵犯阙的主犯，李茂贞是从犯。
讨要尚书令的人，是他王行瑜；要求吞并禁军基地的，是他王行瑜；在长安城挑头作乱、焚烧剽掠东市的，是他弟弟王行约；最早提出要皇上移驾的，是他弟弟王行约；在长安为争抢昭宗而大打出手的，是他弟弟王行实……
是他，是他，还是他。
其次，从综合实力分析，王行瑜相对来说是个软柿子。
李茂贞的综合实力要高于王行瑜，在关西集团中，王行瑜扮演的也是李茂贞的小跟班。剿灭王行瑜更容易一些。
最后，是地缘政治的考量。
留下的这位，是要用来制衡李克用的。参照第二条，只有李茂贞具备这个实力。
因此，昭宗要力保李茂贞，而拿王行瑜背锅。
昭宗派两位亲王到李克用那里解释，让李克用务必接受李茂贞同志诚挚的道歉，等铲除了逆贼王行瑜之后，再讨论其他问题。为了拉拢讨好李克用，昭宗密令两位亲王一定要屈尊管李克用叫“大哥”。
两位王爷可都是昭宗皇帝的亲兄弟，皇上的兄弟跟你称兄道弟，你李克用多大的脸！
李克用派他的儿子李存勖前往皇帝行宫，给昭宗请安问好。
李存勖当时还是一个年仅11岁的小孩儿，年纪虽轻，却长得器宇轩昂，仪表不俗。
昭宗对李存勖的相貌很是惊奇，爱抚着小朋友的脑袋，说道：“孩子，我看你不凡，日后必成国家栋梁，你可要尽忠于皇家。”
李克用清扫了长安地面，上疏请求圣驾还朝。
8月27日，昭宗抵达长安。
在李克用的军事支持下，昭宗刚到长安就下诏将关西集团的走狗、吃里扒外的宰相崔昭纬免职。不久之后，再贬崔昭纬为梧州司马，不久赐死；
崔昭纬的同党，刘崇鲁，被贬为崖州司户；崔昭纬的兄弟——静难节度副使崔鋋，也同样罪不可赦，此前，昭宗特意下诏全军，“破贼之时，勿令漏网”，非弄死那小子不可。
这是整顿文官集团的好机会，可历史很会开玩笑，刚刚铲除了文官集团中的毒瘤，宰相孔纬就因病医治无效，于长安逝世。昭宗不胜其悲，“难道上天不愿看到大唐复兴？何故斩我手足？”
李克用继续对王行瑜穷追猛打，王行瑜实在招架不住，于是向李茂贞求救，李茂贞派兵一万协防。
李克用上疏，要求昭宗诏令李茂贞退兵，同时还要批准自己对李茂贞发动进攻。
昭宗发布最高指示：既然李茂贞主动诛杀元凶李继鹏，说明他已经回心转意，既往不咎，你不准打他。
另诏李茂贞：疯了吧你？别这么不懂事儿！赶紧退兵，要乖哟。
王行瑜丢城失地，连连败退，儿子王知进也被生擒。李茂贞派来的凤翔援军也被李克用击溃。万般无奈之下，王行瑜逃回邠州大本营，派使节呈递奏章，表示愿意投降。
李克用率军包围邠州城。
王行瑜登上城楼，哀嚎痛哭，向李克用哭道：“我王行瑜有什么罪？胁迫皇上，那是李茂贞、李继鹏父子干的好事，跟我毫不相干！不信去凤翔问问，我愿意亲赴京师，负荆请罪。”
李克用“呵呵”一笑，冷嘲热风道：“王尚父（王行瑜求封尚书令不成，昭宗赐号‘尚父’以宽慰他），干嘛如此卑躬屈膝？我可承受不起啊。不是我要为难你，而是朝廷有诏讨伐三个贼子，您恰巧榜上有名，我是奉旨办事而已。至于去朝廷请罪嘛，这事儿，我可做不了主。”
王行瑜自知不敌，于是放弃负隅顽抗，带着全家老小，弃城北逃。逃到半路途中，被部下诛杀，人头连同妻儿老小二百余口，被押送朝廷。