之后便是门下省，主持官员称为侍中，这个实际上是和北朝那边一样的，只不过在北朝门下省起到的是中书省的作用。而侍中和门下省实际上就是皇帝的高级智囊团，在李荩忱的规划中，门下省不但有责任审核奏章、提出建议，还要作为参谋负责制定国家政策和军事政策，实际上相当于后世的总参。
再之后便是尚书省，尚书省的主持官员则是都官尚书，主要就是统筹下面六部，负责上交消息和下发命令，同时作为六部之上的直接领导，有权利和责任主持六部事宜。
而尚书省之下便是六部，分为礼部、刑部、户部、工部、吏部和商部。
和历史上的六部不同，李荩忱将兵部摘了出去，补充了商部。这主要是因为考虑到历史上到了宋代，兵部实际上已经名存实亡，取而代之的是枢密院。而且既然李荩忱要给文官和武将划分界限，再把兵部放在文官六部之中自然就有些不切实际。
而六部之中，礼部不仅掌管礼仪礼乐，也掌管礼仪教化，换句话说，已经建设的成都学院和正在筹备的岳麓书院、金陵学院和太学等等，都在礼部的管辖之下。
刑部则掌管法律的制定和判决，李荩忱坚持认为法律的重要『性』要和道德礼仪放在相同高度上，对此顾野王等人也只能同意。
户部和工部自然不用说，一个掌管人口和经济，一个掌管工业和工程建设。而吏部主要则是掌管人才选拔和官员任命，和历史上也相差无几。关键是这个商部，虽然大家都知道李荩忱还是很重视商旅的，并且在李荩忱团体中扮演着重要角『色』的峡江唐氏等巴蜀世家实际上都是商贾出身，但是还是惹来了争议。
不过谁都不能否定商贾在李荩忱的鼓励下正在崛起的事实，所以这个商部也算是勉强被认可了。
三省六部，这便是朝廷上文官系统的组成。而在地方上，则是分为州——府——县三等级，每个等级的州刺史、府太守和县令由文官担任，这和之前是一样的。
但是这只是文官体系，朝廷上还会单独设立武官系统。和之前一样，武将的事务在朝廷上的主持者便是太尉府，但是原来的南陈司空府只是负责战报的来往传递，但是现在李荩忱赋予了太尉府新的权力，所有的战争规划、兵力的调遣以及后勤保障等等，太尉府都是除了皇帝之外的最高负责者，实际上有些类似于后世的枢密院和初期的军机处，只不过地位肯定要比重文轻武的宋代要高上很多。
太尉府之下便是两重号将军、四征将军等等，这些官职由汉代的战时授予完全改变为任何时候都授予，各将军受命于皇帝、承接命令于太尉府，持节驻守各地，但是实际上他们只是在所防守的地方有军队的训练权，真正的征战权力需要经过朝廷和太尉府的批准。
而具体的军中安排，李荩忱也打算要大刀阔斧的进行改革的，这主要也是因为南朝三百年以来，军队制度几乎没有什么改变，导致军中也出现了很多混『乱』，更何况李荩忱一步步走到今天，他麾下的这些兵马并不完全是招募来的，还有很多是降将和降兵，因此这就导致了不同的将领麾下兵马数量甚至都有很大的差异。
这种情况在南北朝时期非常常见，但是李荩忱很清楚，这样只会进一步导致将领拥兵自重，他必须要给整个军队制定一个标准化的规矩，将军队进行整编和统一管理，尤其是在思想上的统一管理。