金门海战之后，齐王王争针对眼下齐军各部纷杂的弊端，开启了一次规模浩大的全军整改。
首先，王争取消了战兵的编制，组建南京禁军，定额十万，分五大营，除了原本尖刀、振武、玄武、奋威四营以外，增设扬威营。
这次陆军的改革许多人希望已久，这次放出五个珍贵的将军号，原本四位战兵系大将除了分任禁军主将以外，都将得到属于自己的将军号，叙为齐军诸将前列。
董有银仍任尖刀营主将，为昭勇将军；黄阳仍任玄武营主将，为昭威将军；邓黑子任振威营主将，为光武将军；高亮经过外甥风波之后，仍然被王争委任为奋威营主将，封光毅将军。
禁军除了用以列阵攻坚的五大营之外，还设有辎重营、骁骑营、火器营。
辎重营主将依然还是马升，为广毅都尉；原骑兵营更名为骁骑营，本来幕僚府商议，全卓会被封为飞骑都尉。
但齐王王争并不同意，特封骁骑营主将全卓为显武飞将军，编为五大将之外，与全卓一样编为五大将之外，并且拥有将军号的人还有原水军统领江大。
江大可谓是威名赫赫，在水军之中排在当之无愧的首位，陆军全面整改之后，原山东水师更名为定海军，下辖台湾舰队与东南舰队。
江大任定海军主将，为节海将军，刘四任定海军副将，为显略都尉。
这还没完，南京禁军有四大营，这就说明将会从其余战将众人中选出一个，原地晋升为禁军大将，这可是一步登天的机遇。
就在齐军内部为此争论的时候，人选却悄然揭示。
原山东军战将秦良士，祖籍辽东，崇祯十四年入山东军，先后在登州、莱州等地的缉盐行动中立下大功，叙列二等功。
崇祯十四年底盐丁大比武中，秦良士位列榜首，充任嫡系正兵什长。
至今三年间，秦良士立二等功八次，三等功十四次，是安平灭郑之战中首位登上城头的山东军将领，此战中秦良士奋勇当先，斩杀郑氏主将一员，协将三名，叙列一等功。
鲁监国元年七月，秦良士累功晋升禁军第五营主将，封定远将军。
秦良士的事迹由此而激发其它齐军将领的夺功热潮，这可是活脱脱一位从底层盐丁做起，如今位列五大将军之一的例子。
在齐军内，只要你踏实肯干，总有出头之日，只要你作战勇敢且不畏强敌，总有斩获首功，叙列晋升的那一天。
除了将战兵一系改组为禁军之外，齐军取消外系兵马的诸多编制，只留正兵、辅兵之分，但为了避免质量下降，将按照以往军中的规定，在已经控制的全境内重新整改外系兵马。
这次整改从五月份持续到七月底，裁撤了一大批原明军将校兵卒，将他们遣返回家，想要种田的有家室者可以到农务部分署入册获得田亩，那些单打独斗的，可供选择的地方也不少。
例如各处逐渐兴起的矿场、海事局作坊、以及山东沿海一带的盐场、盐田，城管局下辖各司分署，甚至到农庄中做帮工都能满足最基本的温饱。
通过整改的原外系军全部原地晋升为正兵，分散在各地驻守。
王争首度开创了村镇卫营，州府城防营、首都禁军的三级统筹陆军编制，第一批的人员将按照战功等级来分派，这也是从最初战兵、正兵、外系的三级编制演变而来。
此次整改之后，齐王下令，城管局保安司诸多丁口自此只能负责地方治安，不能再直升进入军队。
想要进入齐军作战序列的方法只有一个，那就是在招兵的时候参军报名，参加当地考校，并且村镇卫营、州府城防营还有禁军，都有相应的新政策出台应对时势。
这项新的政策延续了以往风格，想要进入禁军，必须要从最底层的村镇卫营干起，州府城防营要由州府下辖各村各镇的防营中精挑细选。
禁军则是每三年一次大换血，非村镇卫营、州府城防营佼佼者而不能入，为齐军作战时的绝对主力部队，一般由齐王王争亲自统领。