崇祯决定又追加了六百万两白银，在陕北再建立十万军队。这次是由武将出面，曹文诏和曹变蛟叔侄负责招募训练，因为在辽东配合东江攻破沈阳一战中的战功，曹文诏已经被提升为总兵，曹变蛟为参将，调他们去陕北再招募十万军队，又可以赈济关联的一百万百姓。
东南方面，南居益已经到任福建巡抚职务，和郑芝龙一起合作计划从荷兰人手里收复台湾，朝廷已经拨出白银三百万两资助郑芝龙，加速他的实力扩充，需要的战船、火器，也都在大规模制造之中。郑芝龙的日本老婆田川松、五岁多的长子郑森、刚出生的次子郑卫门（历史上的田川七左卫门）、十岁的女儿已经被明朝使者从日本接到北京城居住两个月了。
田川松刚被接来的时候，在北京城给他们安排的住所里哭天喊地，不停地抱怨，她本来以为明朝使者是接他们到郑芝龙身边的，没想到是住在明朝北京城里，和郑芝龙隔着四千里，和她原来的期望相差太大。崇祯知道后，派宣化部侍郎张岱去找到她，让她安分点。在崇祯的指示下，张岱话说得很坦率，明朝派人把他们接到北京城来，用意就是作为人质来控制郑芝龙的，否则郑芝龙一年多前还是海上横行的海盗，朝廷凭什么就能完全信任他。
她不必沮丧难过，有他们在，朝廷才能对郑芝龙放心，他们一家人就能真正安全。等过半年，朝廷可以考虑让她带着郑森前去与郑芝龙团聚，不过幼子和女儿必须继续留在北京城，等郑森满七岁，再回北京城读书，替换他的姐弟。
只要郑芝龙足够忠心，明朝当然也不会亏待他们母子，会给郑森最好的教育，成为出色的人才。如果没有明朝派使者去日本交涉，他们四个人现在还在日本，一样不能和郑芝龙团聚，现在何必特别抱怨？田川松听到这种明确表态后，果然安分了许多。
在福建的郑芝龙也知道了妻子儿女被朝廷派使者从日本接去了北京城居住，从南居益传来的消息，并没有什么不满，反而放心了不少。当时横行海上的海盗不是只有郑芝龙一个，郑芝龙之前的势力也还没有到历史上料罗湾海战以后的颠峰，在一众海盗上他并不突出。要招安一个海盗去清剿其他海上势力朝廷可以有其他选择，他本来担心有什么事情办不好朝廷会抛弃他，转而招安其他的海盗。现在知道明朝专门派人去日本接他妻儿当人质控制他，他就知道朝廷确实很重视他，不会被其他海盗取代。
这时在南居益的辅助下，郑芝龙率领的海上军事贸易集团实力迅速增长，各种大小战船、火炮和铁铳都在制造供应。郑芝龙已经和李魁奇打了一仗，把李魁奇的力量消灭了大半，之后就要对付杨六、杨七、钟斌和刘香这些其他的海盗势力，或者消灭或者吞增强自己的势力。
本来郑芝龙扩充实力，还有些担心，怕引起朝廷官员的责怪，不过南居益事先已经得到了崇祯交底，对郑芝龙壮大势力，不仅没有猜忌，而且还让地方政府全面配合辅助，提供各种人力物力毫不吝啬。连郑芝龙自己都有些不好意思，而且感觉奇怪。
针对郑芝龙的疑心，南居益也直接告诉了他朝廷的意图，等郑芝龙吞并消灭了其他的海盗，实力足够壮大了以后，就要全力对付盘踞在台湾的红毛了，把台湾夺下来。郑芝龙自己就被荷兰人欺负过，之前还被扣押被迫签下了三年的贸易协定，本来就想要教训一下这些红毛了，知道朝廷是这个意图以后，郑芝龙向南居益打包票，他一定会把台湾的红毛人赶走。
西南方面，云南道御史毛羽健报告，因为朝廷给贵州方面的军饷增加，对水西土司的各种封锁策略也因此得以强化，导致水西叛乱头子安邦彦穷困至极难以忍受，最后只能狗急跳墙，还是和历史上一样，自己跑出深山穷谷，纠集残余势力，号称十万大军向永宁进攻。
结果被永宁监军道臣刘可训、总兵侯良柱从孤城中以永宁军兵力一万三千人，击败了安邦彦号称的十万大军，击杀了奢崇明和安邦彦，慕德、阿思落易等也是或死或被抓。剩下的水西土司安位只是一个小孩子，本来就是安邦彦的傀儡，安邦彦被杀后也投降了。延续了八年的奢安之乱彻底平定。
不过因为战功认定的问题倒是起了分歧，川贵总督朱燮元上疏辩称，安邦彦是被许成名的部将赵国玺、雷应乾等人追上斩杀的，不是四川永宁的侯良柱、刘可训的属下所杀，现在四川人说贵州将领冒功，他所为总督，却在究竟是谁杀了叛乱头子的问题上不能取信于人，感到很憋闷，请求辞职。崇祯也只能说几句套话安慰朱燮元。
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