崇祯看他们一问一答说的越来越深入了，觉得这种方法不错，把爱好研究格物的学者聚在一起问答讨论，能极大加速学科进展，本来宋应星只是提出火质和空气里的水神假说，在薄珏的步步追问下，就逼得宋应星去做实验验证了。
而且《气论》里“水尘三章”宋应星已经意识到了氧气，引导他认识这一点，就能从火质说直接进阶到氧化说，彻底解决燃烧原因的问题，就叫停了两个人的讨论，让他们做实验以后再交流。崇祯又提到宋应星《气论》的《水尘三章》里提到的“水死”、“气死”现象，让他详细说一下。
宋应星说鱼在水中，也需要水和空气相通，水中的鱼才能活。他在《气论》中提出一个实验，如果以器皿装上水和鱼，把器皿密封起来，过几个小时打开，水中的鱼已经死了。说明水不与空气接触就是水死，水死以后，其中的鱼也会死。
崇祯说起宋应星的原话“鱼育于水，必借透尘中的气而后生。水一息不通尘，谓之水死，而鱼随之”，问宋应星这里说的“尘”究竟是什么？是不是灰尘？崇祯知道这里的尘就是氧气，提问激发宋应星进行更深入的思考。
宋应星说这尘不是灰尘，是空气中的微粒，肉眼难以看见，他称为“元气自有之尘”，他猜测空气中如果有这个“元气自有之尘”，那就是活气，人呼吸活气才能活。水与这“元气自有之尘”接触，水才是活水，鱼才能在其中存活。如果空气中“元气自有之尘”耗尽就必死无疑，鱼、鸡鸭猫狗，乃至人都是这样。他猜测空气中肯定有“元气自有之尘”，通入水中，可以使鱼活，流动在空气中，可以使人活，是活物片刻离不开的。
崇祯确定宋应星说的“元气自有之尘”概念就是氧气，进一步引导问宋应星说的“元气自有之尘”能不能从空气中提取出来？宋应星说“元气自有之尘”与灰尘不同，不过人也可以看见。
薄珏来了兴趣，问人真的能看到“元气自有之尘”？宋应星说阳光照窗户时，人看阳光，可以看到微小尘埃悬浮空中，扇子扇风，别人以为里面是灰尘，他认为也是“元气自有之尘”，薄珏的神情对这种说法是怀疑的。
崇祯也明白宋应星虽然通过观察猜想到了空气中存在氧气，但是对氧气的具体表现形式认识还是并不准确，其实宋应星离发现氧气不远了，只要启发他“元气自有之尘”就是他前面说能引起物体燃烧释放火质的“水神”，不仅能让动物呼吸生存，也能维持燃烧，就离发现氧气只隔一层纸了。
崇祯单刀直入，问宋应星有没有想过“元气自有之尘”和他前面说的空气中吸引火质的“水神”有什么关系？宋应星表示这倒是没有。薄珏倒是对崇祯的说法产生了兴趣，建议宋应星可以做一个实验，把一个活物放进一个密封器皿中，等活物死去，想必这密封容器里的“元气自有之尘”已经耗尽，再把一个烛火放进容器里，看能不能燃烧。要是能燃烧，说明“元气自有之尘”和水神无关，如果不能燃烧，说明“元气自有之尘”和水神有关。
崇祯说也可以反过来，先在一个密封器皿中燃烧火烛，等熄灭以后，再放入活物，看能不能呼吸生存。宋应星说这实验难做，密封器皿活物死去后怎么放入火烛？要是临时打开，就不是密封了。
薄珏说这个容易，可以在器皿里设一个小隔间，用一层可以打开的隔板封住。主器皿密封，小隔间用窗口打开。活物放在主器皿中，火烛放在隔间中。等主器里的活物闷死，再把有火烛的隔间的窗口封闭，等火焰微弱到即将熄灭时，把隔间和主器之前的隔板打开，观察火烛是不是熄灭？
反过来实验也是这样，等主器里火烛熄灭后，把一只小老鼠放在隔间中，可以先灌满水。小老鼠被水淹没的一刹那还不至于死，把隔板打开，小老鼠就会逃进主器中，就可以观察小老鼠会不会闷死？薄珏说出了实验方案，并且强调器皿最好用透明玻璃做成，更加方便观察。宋应星对巧妙的实验设想也大为赞叹，表示这样实验确实可行。
崇祯交代薄珏在玻璃制作上多下些功夫，不仅可以制作望远镜透光玻璃，也可以制作各种形状的实验器皿，薄珏表示制作玻璃器皿比制作琉璃镜容易得多。
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