接着又找来茅元仪商量全国人口普查的事情了，崇祯知道茅元仪《夜航史话》里提到过人口问题。阎应元提出的建立京城民兵体系需要统计人口，建立地方军队，科举考察练兵官员守城能力也需要统计人口，这是伴随很多变革的必要措施。
果然一说到人口问题茅元仪又来了兴致，滔滔不绝说了起来，说现在的黄册户口纯属笑话，各地黄册很多连年照抄，有些地方人口没有变动，没有一户增加一户减少，好像没有人出生死亡迁徙一样，就算有生有死，数量也正好相等的怪事，这是连瞎编都嫌麻烦。
有些地方不好意思完全不作变动，就稍微作些增减，也是出于瞎编。有些地方为了减少丁税，让在册人口逐年减少。最离谱的是有些地方事先瞎编好了今后几十年的在册人口数字。这样胡编乱造的结果就是：明初洪武年间统计的人口是六千多万，经过两百多年和平繁衍，到了万历时官方在册人口数量居然少了四百万，只剩下五千六万多万了。
崇祯问有没有可能确实两百多年人口不增反减，茅元仪连连摇头说绝不可能，人口大量增加不只是他的观察，其他很多人都有记载。比如万历时谢肇淛《五杂俎》记载，金陵的街道本来就极宽广，可以容纳九轨，但是随着人口增多，还是把很多官道都占了建造房屋，“户口数倍，岂能于屋上架屋，必蚕食而充拓之”。
农村的情况更严重，徽州福建等地的农村，“见人家多楼上架楼，未尝有无楼之屋也。计一室之居，可抵二三室，而犹无尺寸隙地”，就这样还有五成的人口流动在外面。北方的河南、山东到南方的江西、湖广、四川等地，也到处都是人口繁多的景象。最后茅元仪又说了他在《夜航史话》里说过的结论“天下户口不入版籍，未有如今日之甚者也”。
崇祯问按他的估计目前明朝人口究竟有多少，茅元仪的回答让崇祯吓了一跳“十倍于国初”，这是茅元仪一贯的看法，在谈盐税时就有过这样的说法“户口十倍曩时，所增盐课不能一二”，“虽户口十倍曩时，而盐利不能再倍，私盐盛行故也”，当然这个答案肯定是夸张了，崇祯估计五倍大概差不多。
崇祯就让茅元仪在一年以内进行全面人口清查，问他看法。茅元仪很高兴，说这正是他多年来一直呼吁的，可惜没有几个人响应。还狂妄地说万历初张居正只清查耕地，根本不得要领，人口才是根本，这就能看出张居正只是庸才。
茅元仪又说如果能清查人口，各种隐藏弊端都能整顿，丁税也能增加，征兵也有把握，是国家的根本大计。崇祯就让他可以先作准备工作，清查人口需要大量人手，可以按收酒税的办法，从地方童生中选人，制定章程先培训工作人员。
茅元仪目前的工作重心毕竟是收税，崇祯又提出增加两项新的税种，僭越税和狭邪税。明初对于房屋的形制和衣服首饰的用料颜色都有明确规定，比如平民房屋不能超过三间五架，不能用斗拱，不能雕刻花纹，装饰彩色。即便对不同品级的官员房屋也有限制规定。平民衣服不能用金绣绫罗，首饰不能用金玉珠翠，还有颜色规定。在明代中期以后，这些规定限制统统被无视了，只要有钱，想穿什么华丽衣饰，想建什么豪华别墅都随意。如果严格执行明初的规定，这些都是要进行严厉处罚的，但是现在这已经不可能了，可行的就是收一笔僭越税。
另外就是文人称为狭邪的青楼行业，这个茅元仪本人就很熟悉。洪武时规定过禁止官吏嫖娼，后来也废弛了。文人就喜欢流连风月场所，青楼遍布天下。《五杂俎》说“今时娼妓布满天下，其大都会之地动以千百计，其他穷州僻邑往往有之”，扬州瘦马、大同婆娘之类都大大有名。
不过只是南北两京教坊司在官府的管理下收税，其他占绝大多数的民间青楼窑子都处在放任状态。收取一笔重税除了增加收入，也算是对文人狎妓行为的敲打，明确表态不提倡这种行为。同样的还有赌博行业，无法禁绝，就通过收税加以限制。
现在茅元仪也算是崇祯的重要亲信之一了，崇祯也向茅元仪稍稍透了个底，这次增收奢侈僭越税和狭邪税，算是对扩充酒课提举司的一次试演，将来打算扩充成课税提举司，从户部独立出来。征税项目也会逐渐扩充到盐茶铁契税关税等等茅元仪论述过的其他项目，仍旧让他担任总提举。让他可以提前预备好人手和章程，等正式任命了，可以迅速开展工作。
崇祯还承诺这些只是初步打算，如果他干得好，将来打算设立国计部，让茅元仪出任正二品计部尚书。茅元仪却说税收的事对他来说只是牛刀小试，官位更不在意。他真正的才能还是在军事，他自信比古代的名将也不差，如果崇祯能让他率领七万军队，就能轻易平灭建虏。崇祯见茅元仪又开始对自己的军事能力迷之自信起来，只能推托说他领兵打仗的事情还是以后再说吧，等课税提举司的工作正常运转几年，再考虑对他的其他安排，茅元仪只能一脸失落的离开了。
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