熟记号令和军纪的方法是和赏罚结合起来，经过一段时间背诵后时时抽查，如果抽查一条背不出来，打一板。如果士兵犯了小过错，能背出一条免打一板，这样很快就能见效。“如违误军令，而不误事，止于捆打；若因而误事者，军法从事”这是对军令的原则，至于违反军纪的处罚更是有明确的规定。
至于练艺就是武功这一条则作了一些调整，首先在军中普及龙象般若功，低层次龙象般若功无资质要求，只需要时间挂机就肯定能练成，能增强士兵的力气和身体素质，安全无副作用，非常适合军队大规模普及。
当然还有最重要的一件事，就是军队的编制，戚继光《纪效新书》第一篇就是《束伍》。《纪效新书》分两个版本，一个是戚继光在南方抗倭时所写，十八卷本。一个是晚年在广东总结南征北战，抗倭御虏办军校一生的军事经历，十四卷本。中间还有一本《练兵实纪》。
分别来说，十八卷本的《纪效新书》写的是对付南方的倭寇，其中的军制是四四制，十二人一队鸳鸯阵小队，十人两列纵队，一个队长指挥，加一个杂役火兵。四队为一哨，四哨为一官，四官为一总。《练兵实纪》是在蓟镇训练车步骑营对付蒙古骑兵，编制改成了三三制，三队为一旗，三旗为一局，四局为一司，两司为一部，三部为一营。
沈飞练兵的作战对象就是蒙古骑兵，练的也是车步骑营，就选择了《练兵实纪》的三三制编制，还有一个原因是这和现代编制有些巧合，十二人类似一个班，三班一排，三排一连，后面的营、团、旅、师、军也差不多对应，指挥起来比较顺手。
训练一是按编制由小到大练，个人练好合成一队练，各队练好合成一旗练，各旗练好合成一局练，这样步步为营，循序渐进。个人训练冷兵器要进行对抗，热武器枪炮设标靶训练。二是按场地练，在校场上模拟各种地形，用木版标记道路、房屋、野地。熟悉了以后再到实际地形里进行操练。
武器选择上，只选择经过实战检验取得效果的武器，排除一些停留在纸面上的脑洞。燧发枪是基本装备，火炮方面，选择三种，佛朗机，当然名称改掉，改称神飞炮。神飞炮（佛朗机）的特点就是采用子母铳结构，事先制作好子铳，三人或者两人操作，可以快速装填，连续射击。火药是装填在子铳里，母炮不会过热炸膛。二是虎蹲炮，三十六斤，可以伴随步兵使用，机动性好，抗倭时取得过巨大战果。三是翼虎炮，六十斤，样子很像一支大型的火枪，可以单兵使用，《军器图说》提到广宁城、西平堡之战发挥过巨大威力。
其次是地雷和铁壳火球（手榴弹），地雷需要在战前才能事先布置，避免误伤其他人，铁壳火壳，明代称击贼神机石榴炮，可以单兵携带多枚。再次是集束火箭，可以单兵使用，也可以车载（神机箭），对于集束火箭的威力有争议，戚继光《练兵实纪》里就持贬低甚至否定态度，“有火砖，一窝锋，地雷，千里炮，神枪等，百十名色，皆不切於守战，故不备，今皆一切禁之，以节靡费”，不过那与南兵和北兵的矛盾有关，戚继光也有贬低北兵武器和战斗力的倾向，就是戚家军的覆灭和浑河之战仿戚家军的覆灭，也都和南北兵矛盾有关系。
集束火箭是经过靖难之役实战检验的，朱棣夺取皇位以后也大量使用，不那一战是短距离突袭。燕军遭遇集束火箭打击的记载是“上以数十骑驰入其阵，将士奋跃而从，敌人马辟易。敌藏火器于地，其所谓一窠蜂、揣马舟者，着人马皆穿，而我军俱无所复”，当时燕军骑兵已经突入对方军阵，几乎是在贴身交战的情况下，明军用集束火箭一窝蜂反击，打穿了很多燕军人马。这种集束火箭可以单兵携带，作为小规模特战式突袭的装备，远程打击还需要改进。除了这些明代的武器，随着石油的逐渐开采和收购，宋代的猛火油柜、弓弩、水龙、投石机也都可以制造、装备和改进研发，当然这些武器不只车步骑营，其他宋代也可以使用。
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