大明万历四十六年六月初十，距离北都四十里的通州码头，赵和一伙终于经过长途跋涉终于来到了帝国的首都。
在明帝国的宪法中，实际的首都是南都，也称为南京、应天府，因为这里是朱元璋的龙兴之地，同时也是朱元璋规定的首都，所以就算强势如朱棣，在即位后也不敢稍微改动朱元璋的设定，所以现在帝国法律上的首都就是南都。
但因为朱棣得位不正，所以在南都周围、朝廷内外存在大量同情朱允炆的人，朱棣是一个疑心病很重的人，长期待在这种地方怎能受得了？在加上永乐初年北方蒙古问题还没有解决，边疆还有很大的压力，而将军队交给任何人朱棣都不放心，没办法他只能自己来。
既然皇帝将工作重心放到了北方，自然国家的政治中心也要迁往北方，这样北方第一大城市，朱棣生活工作的地方，北平就成了首选目标。
其实按照地理位置来说，北平远比南都优越的多。南都因为地处江南，环境潮湿，在加上当年朱元璋修建京城时大量填塞了周围的湖泊造地，所以在永乐初年南都皇宫已经出现下陷的情况。
而北平地处燕山脚下，地基都是山石，同时从春秋战国以来北平就是我国华北地区的一个中心城市，处于交通要道，地位重要，背靠群山，面对华北平原，是东北地区进入华北的必经通道，而且易守难攻，自古以来就是军事政治重镇，是所谓的用兵之地。
北平在战国时期就是燕国的首都，到了西汉时期，为了与匈奴进行作战，汉朝政府十分注重这一地区的重要地位，他们在此地驻守了大量军队，时常进攻匈奴或者防御匈奴的进攻。隋唐时期因为要对付东北的高句丽，北平便成为了这一地区的战略要塞，元代更是将北平当成了首都，改名为大都。
这是地理优势，还有最为重要的就是政治考量。朱棣是一位专业的、出色的军事领袖，他当时就富有远见的看出了明朝将来面临的重要外来威胁就是来自蒙古地区的军事威胁，但是南京地处南方，对于北方地区的控制十分脆弱，一旦北方地区面临重大安全问题，朝廷难以及时做出反应。
加上北方一直都是中国的政治中心，没有那个统一的政权把都城放在南方的，只有割据政权才以南都为首都。南都难以承担起控制全国各地的作用，朱棣才对南都并不中意。
如果要增强对北方的控制，并且要找一个可以控制全国的地方做首都，那么朱棣认为北平的地理位置十分优越，既有北方地区各个关隘的阻挡和北部地区群山的庇护，这一地区还是易守难攻的，而且北平是北方地区为数不多的即可以控制华北和东北还可以俯瞰西北地区的地方，并且明朝也在北平以北修建了长城和很多要塞，来提高北平地区的安全性。此外北平之前也是元朝的首都，基础设施建设比较好，交通顺畅，人口众多，还有一定的城防基础，能够满足朝廷的要求。
地理、政治上都适合，那其他困难就不成为问题了。没有粮食可以从南方运，朱棣花了大力气整修大运河，可以让粮食从南方产粮区直接运到北平城下，进而辐射至北方各军镇。
经济不行就从南都调，朱棣迁都后将南都富户十万家迁到了北平，原本北平就是北方第一大城市，虽然因为元末战乱问题人口减少到明初的四十多万，但南方的富户、跟着朱棣来的中央各级官员，一下将北平的人口总量增加到六十万之中，一跃成为当时全中国第一大城市。
都准备完毕后，在永乐十八年，北平皇宫和北平城建成。北平皇宫以南京皇宫为蓝本，规模稍大。新修的北平城周长四十五里，呈规则的方形，符合《周礼·考工记》中理想的都城的形制。明成祖朱棣下诏正式迁都，改金陵应天府为南京，改北平顺天府为京师，但在南京仍设六部等中央机构，称南京某部。